К периоду правления Фатимидов относится распространение исмаилитского влияния на земли Северной Африки, Египта, Палестины, Сирии, Йемена и священных для мусульман городов Мекки и Медины. В 969 году при четвертом халифе аль-Муи'ззе (935 —975) Фатимиды предприняли поход в Египет, в ходе которого военачальник Джавхар аль-Сикилли взял Фустат, центр арабской власти в Египте, и основал недалеко от него новый город — Каир, куда в скором времени была перенесена столица Фатимидского халифата (в Магрибе владычество Фатимидов пошатнулось из-за нового восстания берберов). Фатимиды продолжали экспансию, дойдя до Сирии, покорив Мальту и Сицилию и на время завоевав земли в Южной Италии. В целом эпоха Фатимидов создала на подконтрольных территориях социальную систему, качественно отличающуюся от остальных исламских Государств. Переломным моментом в истории Фатимидов стало правление шестого халифа аль-Хакима (985—1021), после чего Государство вступило в стадию быстрого распада. Сам аль-Хаким был противоречивой фигурой: При аль-Хакиме обострились столкновения Фатимидов с карматами Бахрейна, что можно рассматривать как «гражданскую войну» внутри шиитского (исмаилитского) мира. Кроме того, халиф аль-Хаким издал указ о лишении женщин права обладать частной собственностью, что, по мнению некоторых историков, было направлено против его сестры (Ситт аль-Мульк) и матери, которые плели против него интриги. Имевший привычку гулять ночами в одиночестве, аль-Хаким однажды (в 1021 году) не вернулся с такой прогулки. Одни считают, что он был убит по приказу сестры (его одежды со следами разрезов от кинжала позднее нашли); другие, что он как настоящий Имам ушел в «сокрытие» и вернется в будущем как Махди. Эта точка зрения стала основой нового направления исмаилизма — ливанских друзов, считающих аль-Хакима святым Махди. После 1060 года под контролем Фатимидов остался только Египет, остальные территории они потеряли. Затем, победив турок, они заняли Иерусалим.
Последним правителем Фатимидского халифата был Аль-Адидинллах (1149— 1171). После падения Фатимидского халифата в XI веке центр исмаилитов переместился из Египта в Сирию, а затем в Иран. Вместе с тем влиятельные исмаилитские общины в этот период сложились в Йемене и Индии.