Современная топография дна озера позволяет различать в нем 3 хорошо разграниченные друг от друга части: северную, среднюю и южную. Южная часть, начинаясь от южного конца озера, простирается до района дельты р. Селенги. Максимальные глубины ее около 1400 м. Здесь, как и всюду, дно впадины относительно полого опускается вглубь вдоль восточных берегов и очень круто — вдоль западных.
Хамар-Дабан и Приморский хребет по направлению к южному концу озера сближаются, причем подводные склоны их смыкаются ни расстоянии 10 км от южной оконечности озера (залив Култук). На южном склоне во впадину, между устьями рек Хара Мурин и Выдриная, отмечаются два подводных уступа (на глубине 200 и 800—1000 м).
К востоку от устья р. Хара-Мурин расположена обширная отмель, выдвинутая на 5—б км в озеро, известная под названием Муринская банка, с глубинами до 15—25 м, вытянутая на северо-восток. Она имеет крутые склоны и выражена в рельефе до глубины 1100 м. К северу от р. Снежной вдоль южного берега отмечены гряды северо-восточного простирания на глубине 250 и 700 м.
Прибрежная мелководная полоса (шельф) вдоль южного берега Южного Байкала слабо наклонена в сторону озера до глубины 15—20 м, после чего дно круто спускается вглубь. Ширина шельфа здесь колеблется от нескольких десятков до многих сотен метров. На северном склоне впадины Южного Байкала, против истока Ангары имеется подводная сплощадка» на глубине 900 м, внешняя граница которой идет по прямой линии от м. Лиственичного на Баранчики.
Южная впадина Байкала отделяется от средней подводной возвышенностью, расположенной против дельты р. Селенги. По направлению с юго-запада на северо-восток по мере приближения к дельте дно озера постепенно поднимается и глубины вдоль северо-западных берегов уменьшаются до 400—500 м, вдоль юго-восточных (против дельты) — до нескольких метров.
Рельеф дна против дельты Селенги довольно сложный. Так, в районе северного и южного краев подводной возвышенности имеются две крупные относительно мелководные «банки». Одна из них расположена против села Посольска на расстоянии около 20 км от берега и имеет глубину всего лишь 34—32 м. Поверхность ее почти плоская и вся «банка» ориентирована по-байкальски, т. е. с юго-запада на северо-восток.
Склон ее, направленный на юго-восток, очень крутой, а противоположный сравнительно пологий. Аналогичная подводная возвышенность лежит на северной окраине придельтового района, но минимальная глубина озера здесь уже 190 м, причем и эта «банка» тоже с плоской, почти срезанной вершиной. Между этой подводной возвышенностью и берегами наземной дельты Селенги имеется замкнутая котловина («пучина»).
Заслуживает внимания также наличие за пределами глубин 20 м (против дельты) непрерывной цепи валов и борозд («грив»), вытянутых с юго-запада на северо-восток на глубинах 30—100 м, с высотою бортов до 30—50 м. Мелководная часть Байкала против дельты Селенги известна в литературе под названием «Селенгинское мелководье».
Правильно было бы объединить в одном названии всю подводную возвышенность, разделяющую Южный Байкал от среднего и расположенную между дельтой Селенги и устьем реки Бугульдейки (западный берег) с глубинами менее 500 м.
Средняя впадина Байкала, наиболее глубокая, ограничена с юга возвышенностью, а с севера подводным Академическим хребтом. Максимальные глубины средней впадины и всего Байкала расположены против о. Ольхой, в нескольких километрах от последнего и достигают 1620 м. Склоны средней впадины вдоль острова Ольхон и его подводного продолжения на северо-восток — Академического хребта, очень крутые, в некоторых участках до 60— 80 градусов.
Огромные глубины в 1500—1600 м занимают почти всю среднюю впадину Байкала за пределами шельфа и склонов. Они двумя рукавами заходят во впадину Баргузинского залива.
К северу от Академического хребта расположена северная часть впадины Байкала, которая простирается до северного конца озера, имея глубины до 890 м. Склоны ее вдоль Байкальского хребта резко опускаются вглубь, тогда как вдоль восточных берегов они относительно пологие.