Используя те же методы, которые используются для картирования перемещений доисторических популяций человека посредством анализа мутаций ДНК, группа ученых из различных учреждений в Великобритании и Германии воссоздала первые движения инфекции SARS-CoV-2 от его эпицентра в китайском городе Ухань до остального мира. Результат, своего рода снимок истоков пандемии, был опубликован в трудах Национальной академии наук (PNAS).
Ученые использовали первые 160 полных геномов вируса, которые были секвенированы у пациентов-людей, чтобы воспроизвести часть первоначального распространения нового коронавируса через его мутации. В частности, данные о геноме были получены от людей во всем мире в период с 24 декабря 2019 года по 4 марта 2020 года. Результаты разделили на три различных варианта вируса, которые на самом деле были бы группами тесно связанных линий, которые они назвали «A», «B» и «C».
Одним из первых обнаруженных сюрпризов было то, что тип коронавируса, наиболее похожий на тот, который был обнаружен у летучих мышей и панголинов (тип «А»), присутствовал в Ухани, но не был самым распространенным. Этот вариант был выявлен у китайских пациентов и у американцев, живущих в Ухане. Кроме того, мутированные версии «А» были обнаружены у других пациентов в США и Австралии.
Вариант «В» был бы наиболее распространенным в Восточной Азии, но он не пошел дальше, что, по мнению исследователей, могло быть обусловлено двумя причинами: одна была бы феноменом, который в эволюции известен как «эффект основателя». Это генетическое узкое место, которое возникает при появлении нового типа вируса из небольшой изолированной группы инфекций.
Другое объяснение, которое, по мнению авторов, стоило бы рассмотреть, касается развития той или иной формы устойчивости к этому варианту инфекции за пределами Восточной Азии. «Похоже, что на этой ранней стадии мы наблюдаем более медленный уровень мутаций в Восточной Азии, чем в других странах», - объясняет Питер Форстер, исследователь из Кембриджского университета и ведущий автор статьи. Вирус «В» может иммунологически или экологически адаптироваться к значительной части населения Восточной Азии, но ему может потребоваться мутирование, чтобы преодолеть это сопротивление за пределами этого региона», - утверждает он.
Европейский вариант
Коронавирус, называемый «тип С», был наиболее распространенным в Европе, по крайней мере, в начале инфекции, и этот вариант был выделен в первых случаях, выявленных во Франции, Италии, Швеции и Англии. Он также был обнаружен у пациентов из Сингапура, Китая, Гонконга и Южной Кореи, но не в выборке из материкового Китая.
Исследователи подчеркивают, что эти методы филогенетического анализа могут быть полезны для отслеживания возможных путей заражения и применяются к последним последовательностям генома коронавируса, чтобы помочь предсказать будущие горячие точки, где инфекция может вновь возникнуть, чтобы правильно ее локализовать.
Следует также иметь в виду, что этот анализ был проведен на основе данных, полученных только в начале вспышки COVID-19. «Вирусная сеть, которую мы подробно описали в этой статье, является всего лишь снимком ранних стадий эпидемии, до того как все эволюционные изменения, вызванные вирусом, были скрыты большим количеством мутаций», - объясняет Форстер. « Это как ловить сверхновую в самом начале взрыва », - заключает он.