Происхождение племени Шекты до сих неясно. Первые сведения о них известны с середины 18 века в русских источниках как об одном из знатнейших родов Младшего жуза. В это время они еще видно не были в составе племенного объединения Алимулы Младшего жуза.
Официально считается, что Шекты входили как все Алимулы в Алтыаульскую Орду, занимавшую территорию от Урала до Аральского моря. Это были территории, ранее входившие в Ногайскую Орду и ставшие независимыми как от ногайцев, так и кочевых узбеков.
Шекты возможно ведут свое происхождение от найманов. Но это связано не с самим племенем Найман, а скорее всего с тем, что найманы вошли в состав командования войск Золотой Орды и им подчинялись местные тюркские племена. Так что скорее всего Шекты это объединение различных тюркоязычных племен - как огузского, так и кипчакского происхождения (подрод шекты есть и у кипчаков Среднего жуза казахов).
Более вероятно происхождение шекты от древнего племени Чиков, этноним которых известен по письменным источникам, оставшимся от тюрков (758 год). Чики обитали на обширной территории от гор Саян до китайской провинции Ганьсу и возможно были одним из ответвлений карлуков.
Шекты в период русской колонизации являлись наиболее активно сопротивляющейся частью Младшего жуза казахов. Вследствие этого им пришлось переселиться с со своих кочевий на Иргизе в Южное Приаралье. Но и там они не смогли найти общего языка с хивинскими ханами, что вызвало ожесточенные столкновения и в конце-концов вынудило их подчиниться русской администрации.
Шекты являются самым многочисленным племенем среди казахов Младшего жуза. И самым распространенным по территории от Актюбинска до Кызылорды.
В конце XIX — начале XX века племена алимулы, в том числе и шекты, составляли значительную часть Иргизского, Темирского и Казалинского уездов. Хотя средняя протяжённость маршрутов кочевания у казахов не превышала 50—100 км в течение года, у шектинцев она могла достигать 1—2,5 тыс. км. Общая численность родов алимулы составляла 300—350 тыс. человек, из них 60—80 тыс. были из рода шекты. Насчёт многочисленности шектинцев существует поговорка «Шекті көп пе, шегіртке көп пе?» — «Кого больше, шекты или саранчи?».