Медработники проводят изоляцию на базе стационаров, подстанции скорой помощи, общежитий и отелей. Изоляцией медиков занимается Минздрав, Минэкономразвития и ФМБА России. Минздрав считает, что работающие с инфицированным пациентами сотрудники должны сократить свои взаимодействия с людьми вне учреждений. Глава Минздрава Михаил Мурашко призвал медицинских работников ограничить контакты вне медицинских учреждений, чтобы не допустить распространение инфекции, он также сообщил о необходимости проведения регулярного тестирования среди персонала.
Чтобы ограничить контакты среди персонала многие учреждения стали закрывать на карантин отделения и целые стационары, однако с течением времени и масштабным перепрофилированием учреждений ситуация изменилась : контактными стали являться все сотрудники учреждения, а массовое закрытие стационаров и перевод сотрудников на больничные листы привело бы созданию массового дефицита как медицинской помощи, так и кадрового состава. Регионы стали применять тактику сохранения медработников на рабочих местах. В Петербурге руководитель межведомственной рабочей группы по противодействию распространению инфекции Евгений Шляхто сообщил, что стационары закрываться на карантин полностью больше не будут, поскольку количество случаев заражения предполагает наличие заболевших уже в любом стационаре, вне зависимости от того являлся ли он "чистым" и "грязным" учреждением. Закрываться будут только палаты или отделения.
Тем не менее действия по сохранению рабочих мест и изоляции стали приобретать новый характер. Регионы переселили сотрудников в гостиницы, стали предоставлять такси и организовывать питание. Изолировать медиков в отели поручил премьер-министр Михаил Мишустин. Занятость номеров в период карантина низкая, поэтому проживание медиков в ближайших отелях может помочь предотвратить распространение инфекции. Проживание в отелях уже задействовано в Москве, Московской области, Твери, Екатеринбурге, Челябинске и многих других городах.