Родился Фрэнсис 9 марта 1891 года, в поселении Шаванага, в округе Парри-Саунд Онтарио. Его родители были коренными американцами из племени оджибве, они жили севернее залива Георгия, в северной части Великих озёр. Отец Френсиса — Майкл, скончался от неизвестного заболевания в апреле 1891 года, вскоре его мать — Мэри Контин вернулась в свое родное поселение в Онтарио,но и у нее обнаружили схожую болезнь. Фрэнсис вырос в Шаванаге, там обучался традиционным ремеслам местных индейцев, таким как рыбалка и охота. В 1912 году Пегамагабо получил материальную помощь от правительства, которая помогла ему получить образование. Тем летом работал на Министерство рыбного и морского хозяйства Канады на Великих озёрах в качестве вольнонаемного моряка.
Началась Первая мировая война.Френсис записывается добровольцем в Канадский экспедиционный корпус, хоть и в то время была дискриминация со стороны Канадского правительства по отношению к национальным меньшинствам. Поступил на службу в 23-й Канадский полк. Участвовал в Битве при Пашендейле.
Предполагается, что фантастическая храбрость Пегамагабо на поле боя истекает из тех навыков, которые он приобрёл в индейской резервации Шаванага, в заливе Джорджия, где он рос. Историк Тим Кук имеет свою гипотезу на счет отваги и самоотверженности Пегамагабо и других канадских индейцев, участвовавших в войне. Он считает, что индейцы верили, что их жизнь, принесённая в жертву победе в войне, поможет остальным индейцам восстановить свои права на их земле и в новом обществе. Как бы ни было, но солдаты рассказывали легенды про индейца, который с невероятной скоростью, лавируя под шквальным огнем противника, носился за подкреплением и патронами.
На его счету 378 убитых и 300 захваченных в плен. Первый индеец в истории Канадских Вооруженных сил, награждённый за отвагу, проявленную в бою. За свою неуловимость и неуязвимость получил прозвище "Окопный призрак".
В 1919 году, после окончания войны, Фрэнсис Пегамагабо возвратился в Канаду и продолжил службу. Следуя стопами отца и деда, он также начал и политическую карьеру. Пегамагабо женился и стал отцом шестерых детей. В 1952 году, в возрасте 61-го года Фрэнсис Пегамагабо умер. Память о нем увековечена в Индейском Зале Славы в Онтарио.