Первоначально слово «карантин» означало «время, из сорока дней состоящее» (итал. quaranta giorni — «сорок дней»)[2][4]. Оно было впервые использовано в XIV веке в Венеции для отсрочки входа в порт кораблей, прибывающих из других стран. Именно на такой срок все суда должны были встать на якорь на некотором расстоянии от берега, перед тем как они смогут разгружаться.
И только в конце XVIII века появилось второе значение этого слова — «дом, в котором приезжающие из заразительных мест должны иметь пребывание своё». Карантин чаще всего при многих инфекционных болезнях, прежде всего оспе и чуме, длился сорок дней.
Первые упоминания карантинных мероприятий встречаются ещё в Ветхом завете:
Во все дни, доколе на нем язва, он должен быть нечист, нечист он; он должен жить отдельно, вне стана жилище его.
— Книга Левит, глава 13
Впервые карантинные законы были изданы, как говорит Колен, в 1374 г., в городе Реджо-нель-Эмилия в Модене; к этому побудила боязнь занесения в Италию чумы, известной тогда под именем «чёрной смерти». Вскоре многие города, расположенные по берегам Адриатического и Средиземного морей, стали применять продолжительную изоляцию для судов, прибывавших из Египта и Константинополя. В XV столетии практика карантина указала на необходимость иметь карантинные лазареты, которые и были устроены в Венеции, Генуе и Марселе.
Стеснения, которым подвергались путешествующие, а равно и перевозимые товары, тяжело отзывались на экономическом строе и общении людей. Врачи тогдашнего времени вели оживленные споры по этому вопросу, в результате благодаря учреждению Providetiori della Sanité в Венеции карантинные меры приняли более определенный характер. Строгость исполнения карантинных мер по отношению чумы, которой тогда только и боялись, повела к тому, что уже в XVII столетии многие города и местности терпели страшную нужду и голодали только потому, что лишены были подвоза самых необходимых пищевых продуктов и вещей. Карательные методы за нарушение карантинных норм отличались крайнею жестокостью; так, в Женеве нарушителей сжигали, а в городе Динь-ле-Бен в 1629 г. было запрещено жителям выходить из города под страхом смертной казни.
Злоупотребления в карантинах сделали их страшно непопулярными учреждениями, планируемый срок пребывания в них был предоставлен произволу чиновников, так как убедились, что даже 40-дневное пребывание не всегда гарантирует безопасность. В карантинах Средиземного моря после неопределенного долгого срока, так называемого «sereinage», во время которого товары и вещи находились на палубе судна и подвергались действию ночной росы, следовало пребывание в карантинном лазарете, продолжавшееся не менее 18 и до 25—30 дней, если только судно прибывало из Турции или Египта; в Марселе судам, прибывавшим из Туниса или Алжира, в 1786—87 гг. срок пребывания в карантине продолжался до 50 дней
Государства Европы не раз созывали конференции по вопросу о карантинах. Первая международная конференция была в Париже в 1851—52 гг., вторая в Константинополе в 1866 г., третья в Вене в 1874 г., четвертая в Риме в 1885 г. и, наконец, последняя, в марте 1893 г. — в Дрездене. Все эти конференции, обсуждая те или другие меры против распространения эпидемий, имели в виду по преимуществу холеру, как болезнь, чаще всего заносимую в Европу. Члены Венской международной санитарной конференции пришли к следующим заключениям: сухопутные карантины были отвергнуты большинством голосов, морские карантины были признаны в Красном и Каспийском морях, в портах же Черного и Средиземного морей рекомендовалась система санитарных инспекций. Было решено, что если же государство сочтет нужным учредить карантины, то они должны быть непродолжительны — от 1 до 7 дней или в крайнем случае 10 дней; речные карантины были отвергнуты и заменены санитарной инспекцией.
На Руси карантины появились первоначально в Пскове. По словам псковской первой летописи, в 1521 г. «князь… велел улицу Петровскую (где явилась чума) заперети с обою концев». В 1552 г., когда зараза вновь появилась в Пскове, «бысть кличь в Новегороде о псковичех, о гостех, чтобы все они ехали вон, часа того из Новгорода с товарами какими ни буди; а поймают гостя псковитина на завтрее в Новгороде, ино его выведши за город сжечи и с товаром; а в Новгороде выймут во дворе псковитина, ино дворника бити кнутом, а псковитина сжечи. И бысть застава на псковской дороге, чтобы не ездили во Псков, ни из Пскова в Новгород» (вторая новгородская летопись).
Общая инструкция относительно карантинов в России была издана в 1712 г. Губернаторы и воеводы, получив известие о поветрии за границей, должны были задерживать приезжих у застав, но срок этого карантина не был определен; равным образом и с внутренними областями, в которых появилось поветрие, должно было быть прервано всякое сообщение; дома, в которых случилась болезнь, приказывалось сжечь с лошадьми и со скотом и со всякою рухлядью, выведши из них людей в особые и пустые места; всякому, кто прокрадывается через заставы, грозила виселица. Более точная инструкция дана была в 1728 г., по случаю открывшейся в Астрахани «опасной болезни». Учреждение при всех пограничных таможнях постоянных карантинов с медицинским персоналом предписано было сенатским указом 22 февраля 1755 г.; но когда в 1771 г. в смежных с Турцией польских провинциях появилась чума, то оказалось, что указ этот не был приведен в исполнение. Вскоре чума стала свирепствовать и в пограничных русских областях и дошла, как известно, до Москвы. В 1786 г. появился устав о карантинном доме на острове Сескаре для Балтийского моря. В 1800 г. был издан «Устав пограничных и портовых карантинов».
Крупнейшие случаи применения карантинных мер внутри Российской империи в течение XIX века имели место в Одессе в 1837 г. и в Астраханской губернии в 1878—79 гг.