Вскоре после начала осады служилые люди выбрали 7 «судей». Ими стали боярский сын Григорий Ермолаев, атаман Михаил Злобин, сотники Иван Поспелов и Симона Белянин, пятидесятники Петр Муравьев и Ларион Ростовцев и представитель ссыльных черкас, десятник Тимофей Потылицын. Таким образом, двое представляли старший офицерский состав, четверо – средний и один - рядовых служилых людей, что свидетельствует о высоком уровне демократических основ. Целовальником, ответственным за кабак и хозяйственные дела, был выбран горожанин Иван Ростовой.
Нужно отметить, что Григорий Ермолаев был избран заочно. В 1695 г. он был чиновником в селе Ясаулове и к 14 ноября вернулся на своем место. После выборов к нему была направлена делегация служилых людей и местных крестьян. Ермолаев почти насильно был привезен в Красноярск. Он при равенстве всех судей являлся старшим среди них до своего смещения в апреле 1696 г., когда толпа во главе с судьей сотником Симоном Беляным посадила его в тюрьму, приковав к стене и избив. Причины смещения в документах не указаны.
С апреля по 20 августа судьями были 6 человек, старшим был казачий атаман Михаил Злобин, что сделало руководство полностью состоящим из казаков, которые традиционно для Сибири состояли в сильной оппозиции к детям боярским, представлявшим верхушку служилого населения крепостей.
Делопроизводственные документы выборных судей почти не сохранилась, однако сохранившиеся подтверждают коллегиальное решение большинства вопросов.
Текущая деятельность выборной администрации повторяла деятельность воеводской: собирались ясак, оброчные деньги, таможенные сборы и др. Одним из обвинений против судей был малый сбор ясачной казны, так как традиционно воеводы разрешали скупку соболиного меха торговцами после сбора ясака, чтобы лучшие меха попали в казну.
В феврале 1696 г. в Красноярск прибыл тобольский дворянин Федор Тутолмин, назначенный временно вместо Башковского. Сложилась любопытная ситуация троевластия: в городе были два воеводы и выборная администрация местных служилых людей. Воевода Башковский, осажденный в «малом городе», имел лишь номинальную власть и не хотел, а скорее, не мог передать ее Тутолмину. Тутолмин не не мог ничего предпринять и просто жил в Красноярске полгода. Фактической же властью была коллегия выборных судей, не желавшая никому передавать власть.
Надо сказать, что после приезда Тутолмин сообщил Башковскому о необходимости сдачи воеводства, то последний не пустил его в «малый город», не отдал казну и делопроизводство. Тутолмин послал донесение о происходящем в Москву и поселился в деревне Ладесской вблизи Красноярска, предприняв попытку выжить Башковского. Он предложил красноярцам не пускать к «малому городу» жен осажденных с продуктами, чтобы голод заставил их сдаться. Однако через три дня горожане бросили эту затею, а Тутолмин перестал вмешиваться в дела выборной власти и стал варить хлебное вино из зерна, обильно поставляемого красноярцами, и устраивать пиры.
Летом 1696 г. в Красноярск пришли известия о приезде в город нового воеводы стольника Семена Дурново, которому поручено расследовать деятельность братьев Башковских. Слухи о жестокости нового воеводы и надежды на справедливое разбирательство привели к распаду выборной администрации и потере ею всякого влияния.
20 августа в город приехал стольник Дурново. Руководитель выборной администрации Михаил Злобин перешел на сторону воеводской власти, а новый воевода начал «закручивать гайки»…