Фёдор был вторым ребёнком из четырёх и родился в рабочей семье, в городе Рубежное в Украине. У него два младших брата и старшая сестра. Отец работал газоэлектросварщиком, а мама преподавала в местном ПТУ. Ему было всего два года, когда семья уехала из Украины в Россию и поселилась в городе Старый Оскол. Там они продолжительное время вынуждены были жить большой семьёй в одной комнате в коммунальной квартире.
В секцию, где ребята занимались единоборствами, Федя записался в возрасте десяти лет. Он начал тренироваться у Василия Гаврилова в секции дзюдо и самбо. Часто на тренировки он приходил с младшим братом Сашей, за которым должен был присматривать. В дальнейшем Александр тоже стал известным спортсменом-профессионалом. Через год успешных занятий мальчику предложили перейти в специальный спортивный класс, который комплектовал Владимир Воронов. Тренироваться начинающий спортсмен не прекращал и после школы, когда поступил в городское ПТУ. Училище он окончил на одни пятёрки, получив специальность «электрик». С этого времени он решил заниматься спортом на профессиональном уровне. В 1995-ом его призвали в армию. Будучи целеустремлённым человеком, он и там продолжил непрерывные тренировки, увеличив мышечную массу за время службы более чем на двадцать килограмм.
В девяностые годы зарабатывать спортом было невозможно, о том, чтобы идти в бандиты – не могло быть и речи. В этот период спортсмен перешёл в ММА, выбрав японскую организацию «Рингс». Он прошёл через двенадцать боёв, проиграв лишь раз и то, из-за двойного рассечения, полученного им в результате запрещённого удара локтем от соперника. Это рассечение он получил в финальной схватке, выбыв, таким образом, из борьбы. Однако в 2001-ом году Фёдор всё же стал чемпионом «Рингс».
После показанных результатов в «Рингс», на Емельяненко обратили внимание, он получил приглашение от «Прайд». Там им были показаны лучшие результаты. Сам спортсмен считает, что в «Прайд» он провёл самые лучшие свои бои. Сначала был бой с Сами Шилтом, спортсменом из Голландии, который окончился победой Фёдора. Далее он победил американца по фамилии Хит Херринг. Третьим соперником был очень сильный спортсмен, опытный боец и фаворит. Им оказался Антонио Родригу Ногейра. Российский спортсмен одержал победу и над ним. Известно, что на протяжении шести лет Антонио не мог победить ни один спортсмен.