В феврале 1904-го Куропаткин, теперь уже генерал-адъютант, ознакомил Николая II со своим планом ведения кампании. Он считал, что на первой стадии войны нужно придерживаться оборонительной стратегии, отступая на север и благодаря свежим подкреплениям постепенно набирая силы, и начать решительное наступление лишь тогда, когда русские войска будут располагать для этого всеми необходимыми ресурсами. Куропаткин был назначен командующим Маньчжурской армией и отправлен на Дальний Восток. «Публика любила Куропаткина. На всех попутных железнодорожных станциях его встречали цветы и аплодисменты», – пишет историк А. И. Уткин. Но генерал знал, как быстро восторг может смениться хулой, когда выяснится, что он не настроен на «маленькую победоносную войну», которой жаждало общество. В быстрой победе была уверена и практически вся военная верхушка, кроме самого Куропаткина. Не сомневался в близком триумфе и главнокомандующий русскими силами в Порт-Артуре и Маньчжурии и наместник на Дальнем Востоке адмирал Е. И. Алексеев. Между тем хотя общей численностью русские армия и флот намного превосходили Вооруженные силы Японии, на момент начала войны контингент российских боевых сил на Дальнем Востоке составлял не более 150 тысяч человек. Японская же армия после мобилизации насчитывала около 850 00 бойцов, к тому же была куда лучше оснащена. Переброска подкреплений к русским войскам могла происходить лишь очень медленно: Транссибирская магистраль пропускала всего несколько поездов в сутки, и чтобы доставить один армейский корпус, требовалось не меньше месяца
Эти обстоятельства сами по себе послужили одной из причин поражения России в Русско-японской войне. Другой причиной стало отсутствие единой точки зрения и согласованности среди командования. Не раз случалось так, что когда Куропаткин решал отступить, Алексеев, смещенный с поста главнокомандующего в октябре 1904-го, но остававшийся наместником до лета 1905-го, или кто-нибудь из ретивых подчиненных приказывал атаковать. Это приводило к замешательству, которым не мог не воспользоваться противник. Скорее всего, Куропаткин оценивал ситуацию более здраво, чем его нетерпеливые коллеги. Но, попав в условия, отличные от тех, в которых ему приходилось сражаться прежде, он часто не мог сориентироваться и проявить должную гибкость – иными словами, оказался плохим тактиком. Поэтому осуществить свой тщательно продуманный стратегический план ему не удалось. Так, лично командуя четырьмя важнейшими для всей кампании битвами – при Ляояне, на реке Шахэ, возле Сандепу и под Мукденом – в первых трех случаях он отдал своим частям приказ к отступлению, когда, как считают историки, объективно исход боя еще не был решен. Операция под Мукденом провалилась из-за разобщения русских сил: пока одни части отступали, чтобы перегруппировать силы, другие были загнаны японцами в узкий огневой коридор. После Мукдена Куропаткин был, в свою очередь, смещен с поста, но русским войскам это не принесло удачи. Капитуляция России была вызвана в числе прочего и внутренней неспокойной обстановкой в стране: в 1905 году в империи росли народные недовольства. В этой ситуации плохой мир казался предпочтительнее хорошей войны, а Куропаткин идеально подходил на роль козла отпущения.