Семья переезжает в новую квартиру. Старший сын Егор не может или не хочет найти общий язык с мачехой и отцом, зато находит себе подружку Дашу в новой школе и верного врага Антона. Семья нанимает подозрительную няню Татьяну, которая оказывается навью - невидимой женщиной-птицей и помощницей древней ведьмы Яги, обитающей в царстве мёртвых.
Татьяна похищает младшую сестру Егора. Родители не помнят о существовании девочки, потому что о существовании всех детей, ставших жертвами Яги, забывают не только родители, но и все окружающие. Они будто стираются из реальности.
Егор и Даша находят в лесу заброшенную электростанцию, смахивающую на дом на курьих ножках, когда убегают от хулиганов. Позднее они, вместе с хулиганом Антоном, забираются в дом к странному мужику Мрачному, живущему посреди леса. Внутри они находят странные фотографии детей и думают, что отшельник, по слухам, убивший жену - маньяк.
Происходит короткая потасовка и подростки вырубают вернувшегося Мрачного. Они узнают, что после того, как у него пропала дочь (Сета) и умерла жена Татьяна, мужчина начал следить за окрестностями и выяснил, что в городе постоянно пропадают дети. О которых окружающие, в том числе родители, очень быстро забывают. Выясняется, что мёртвая жена, ставшая навью, работала у Егора няней, а у Даши репетитором.
Ребята отправляются на заброшенную электростанцию, забираются в печь и телепортируются в царство мёртвых. Они приходят в себя, ничего не понимаю. Позже, натерпевшись страхов, понимают, что оказались в иной реальности. С помощью похищенной дочери Мрачного - Сеты - Егор, Даша и Антон находят младенца и спасаются сначала от навьи, а потом от Яги. Сета в процессе вроде бы погибает, потому что о ней забывает даже отец.
С помощью суперспособности и избранности Егора ребята возвращаются в свою реальность через печь. Но выясняется, что они так и не смогли спасти ребёнка, а родители о них забыли. Подростки решаются на новую вылазку в загробный мир. Но также собираются уничтожить точку перехода, через которую зло проникает в наш мир - с помощью всё того же Мрачного.
В конце фильма ужасов «Яга. Кошмар тёмного леса» показывают, что зло удалось победить. Главные герои - подростки Егор, Даша и Антон - возвращаются через телепорт в печи в царство мёртвых, чтобы забрать младенца у древней ведьмы. Мрачный (обитатель леса) собирался отправиться спасать полузабытую дочь Сету, но в итоге остался в нашем мире, чтобы задержать бывшую жену Татьяну, ставшую навью.
Невидимая женщина-птица Татьяна становится вполне видимой и пытается убить Мрачного, но ребята успевают проскочить в загробный мир. Там они возвращаются в логово ведьмы, чтобы спасти младшую сестру Егора. Но Яга насылает морок на главных героев: Егор вместо ведьмы видит погибшую маму, которая убеждает его зарезать младенца, а Даша и Антон собираются... Короче, чего-то там собираются делать.
Егор отказывается убить ребёнка ножом - он понимает, что это очередные уловки Бабы Яги. С Даши и Антона тоже спадает морок. Но Яга принимает свой истинный облик - красного монстра, сплетённого из пряжи - и опутывает подростков нитями.
Яга требует, чтобы избранный Егор помог ей вернуться в реальный мир с помощью своих способностей. Для больше убедительности она душит ребят красными нитями. Антон из последних сил достаёт из кармана пиропатрон и бросает его Егору. Подросток поджигает ведьму.
Яга вроде бы сгорает дотла, вместе с красной пряжей. Ребята находят младенца и возвращаются домой. Параллельно с этим исчезает и Татьяна, жена Мрачного - навья погибает вместе с хозяйкой. Ребята сбегают с заброшенной электростанции (больше смахивающей на избушку на курьих ножках), вытаскивают раненого Мрачного. Напоследок Егор поджигает второй пиропатрон и бросает шашку в здание. Электростанция загорается и взрывается.
В городе пропадает электричество. Не факт, что это вызвано уничтожением заброшенной электростанции - возможно, повлияла ударная магическая волна, вызванная уничтожением портала между мирами. Не факт, что электростанция вообще работала - судя по виду.
Егор возвращается домой к отцу и мачехе, семья счастлива, взрослые вспомнили детей. Даша возвращается к своей стервозной матери - та распустила волосы и всем видом демонстрирует, что теперь-то уж они с дочерью заживут.
Некоторое время спустя подростки помогают Мрачному собирать вещи в хижине в лесу. Похоже, что мужчина решил зажить нормальной жизнью после того, как угроза миновала. Мрачный просит Антона помочь на улице, Егор и Даша остаются одни. Хэппи-энд?
Как бы не так. У «Яги. Кошмара тёмного леса» нет счастливого финала: в самом конце показывают Сету, дочь Мрачного. Седая девочка каким-то образом выжила и показалась главным героям в реальном мире - наверное благодаря тому, что отец так и не смог её полностью забыть. Смысл в том, что Яга на самом деле не уничтожена, потому что убить древнюю ведьму невозможно. Всё это следует понимать как намёк на продолжение.