После распада СССР в 1991 году бывшие советские республики начали проводить независимые футбольные чемпионаты. В советской Высшей лиге было недостаточно российских клубов, чтобы составить лигу. Поэтому в 1992 году в российской Высшей лиге соревновались 20 российских клубов из высшей (6 команд), первой (11) и второй (3) лиг чемпионата СССР. Для уменьшения общего числа матчей команды были разделены на две группы. Количество команд в Высшей лиге было постепенно сокращено: 18 в 1993 году и 16 в 1994 году. С тех пор Высший дивизион (и Премьер-Лига) состоит из 16 клубов, за исключением эксперимента в 1996 и 1997 годах, когда команд было на две больше.
В первую десятилетку существования российского первенства доминирующей силой в Высшем дивизионе был «Спартак» (Москва), выигравший девять чемпионатов за десять лет. Единственный, кроме «Спартака», клуб, ставший за это время чемпионом — «Спартак-Алания» (Владикавказ) (в 1995 году). Среди матчей, олицетворяющих противостояние этих клубов, — игра за чемпионский титул («золотой матч») 1996 года, выигранная московским клубом.
В общей сложности в чемпионатах России в разные годы выступали 49 команд, представлявших 33 субъекта Российской Федерации:
Российская футбольная премьер-лига была организована в 2001 году на базе Высшего дивизиона. Различие заключается в том, что Высший дивизион управлялся Профессиональной футбольной лигой, и создание Премьер-Лиги позволило клубам получить большую степень независимости. Дважды для определения сильнейшего по итогам чемпионата России приходилось назначать так называемый «Золотой матч», в котором золотые медали оспаривали две лучшие команды сезона, набравшие одинаковое количество очков. Так в 1996 году московский «Спартак» в Санкт-Петербурге оказался сильнее владикавказской «Алании» (2:1). Первым чемпионом Премьер-Лиги стал московский «Локомотив», обыграв в 2002 году в «золотом матче» ЦСКА. Позже «Золотой матч» был отменён. В 2007 году петербургский «Зенит» впервые в своё истории стал сильнейшим клубом России, выиграв золотые медали чемпионата. В 2008 году чемпионом России стал казанский «Рубин». В 2017 году «красно-белые» прервали бестрофейный период, завоевав титул чемпиона страны и впервые завоевав Суперкубок России.
В рамках подготовки к сезону 2018/2019, а также в связи с истечением срока контракта спонсора Росгосстрах, было решено провести ребрендинг, в котором был представлен новый логотип, а турнир стал называться Российская Премьер-Лига (РПЛ). Задачу разработки нового бренда лига начала реализовывать ещё в 2016 году. Этим занимается специально созданная рабочая группа, в которую входят представители всех московских клубов, «Зенита» и «Краснодара». К участию в ребрендинге руководство лиги пригласило несколько российских и иностранных компаний. По итогам конкурса победила студия Артемия Лебедева. Новый бренд должен визуально решать стратегическую задачу — стать интуитивно понятнее и моложе. Новый логотип представляет собой медведя, вписанного в пятиугольник, логотип выполнен в цветах российского флага — красном и синем. Красные глаза медведя символизируют «горящие от страсти» глаза (однако, в дальнейшем глаза медведя стали белыми). Перед тем, как его создать, разработчики опросили широкую аудиторию, провели обсуждение в группах. Они исходили из того, что логотип должен быть символичным и понятным, гармонично существовать в среде коммуникаций .
