В Вологодском авиапредприятии Як-40 эксплуатируются с 1969 года. Был небольшой перерыв, с 2012 по 2014 года, когда предприятие не использовало самолеты этого типа, но на данный момент осуществляются рейсы в Москву (три в неделю) и С-Петербург (два в неделю) . В эксплуатации у предприятия 4 самолета Як-40
RA-88231
Был построен в 1976 году , салон на 30 пассажиров. Начинал работу в Липецком авиаотряде. В 2000-х летал в авиакомпаниях АК "Полет", "Волга-Днепр", "Ак Барс Аэро", "Хабаровск авиа". В Вологодском авиапредприятии с 2014 года
RA-88188
Был построен также в 1976 году и передан в Дальневосточное управление гражданской авиации. Салон на 32 пассажира.За время эксплуатации летал в АК "Амур Авиа", "Ямал", "Северсталь". Передан в Вологду после окончания эксплуатации "Северсталью" самолетов этого типа и переход на SSJ в 2019 году.
RA-87966
Был построен в 1978 году. Конфигурация "Салон" - на 13 пассажиров.
Изначально эксплуатировался в Северо-Кавказском управлении гражданской авиации. Потом летал в АК "ВолгаАвиаЭкспресс","Тулпар Эир", "Центр-Юг". В Вологодском авиапредприятии с 2014 года.
RA-88251
Построен в 1977 году, поступил в Волгоградский авиаотряд. Конвертируемый салон, 32 места.
За время эксплуатации летал также в "ВолгаАвиаЭкспресс" и "Хабаровск Авиа". В данный момент находится в лизинге у Вологодского авиапредприятия. Временно не летает, ждет двигатель из ремонта.
Также на территории аэропорта стоят два Як-40 авиакомпании "Былина" 87334 и 88308. Это были "салоны", самолеты давно не эксплуатируются, компания-владелец проходит процедуру банкротства. Такая же судьба у 87380, только владелец другой.
И ещё списанные : 87284 (был построен в 1973, служит пожарным тренажером), 87905 (был построен в 1977 году).
У 87400 очень богатая биография: был построен в 1974 году, поступил в Кишиневский авиаотряд. После летал в Таллинском отряде, в Дальневосточном управлении, в авиакомпаниях "АмурАвиа","Авиастар", "Волга-Днепр", "Хабаровск Авиа". С 2014 года в Вологде. В 2015 году списан, летать уже не будет, но сейчас разбирается и готовится к перевозке в другой город.