Первым делом разоружают армянских военнослужащих турецкой армии (около 100 тысяч человек). Многих из них тут же казнят.
Разоружение армян сделало возможным проведение систематической кампании против армянского населения Османской империи, которая заключалась во всеобщей высылке армян в пустыню, где они были обречены на смерть от банд мародёров или от голода и жажды. Депортации были подвергнуты армяне из почти всех основных центров империи, а не только из приграничных районов, затронутых военными действиями.
Вначале власти собирали здоровых мужчин, заявляя, что доброжелательно настроенное к ним правительство, исходя из военной необходимости, готовит переселение армян в новые дома. Собранные мужчины заключались в тюрьму, а затем выводились из города в пустынные места и уничтожались с использованием огнестрельного и холодного оружия. Затем собирались старики, женщины и дети, которым также сообщали, что они должны быть переселены. Их гнали колоннами под конвоем жандармов. Тех, кто не мог продолжать идти, убивали; исключения не делались даже для беременных женщин. Жандармы выбирали по возможности длинные маршруты или заставляли людей идти обратно по тому же маршруту, пока от жажды или от голода не умирал последний человек. Вместе с армянами подвергались репрессиям понтийские греки и ассирийцы.
Во многих местах армянское население оказывало ожесточенное сопротивление. Несмотря на нехватку оружия и неравенство в силах, кое-где (например, в Ване) стихийно возникшие отряды самообороны смогли добиться успеха, дождаться русских войск или уйти в горы.
Убийства сопровождались повальными грабежами. Эти действия не были санкционированы каким-либо законом, а в разговоре с послом США Генри Моргентау Талаат характеризовал эти действия как «самооборону». К концу лета 1915 года большая часть двухмиллионной армянской диаспоры была уничтожена. Как и в Германии 30 годами позже по отношению над евреями, над армянами ставили изуверские медицинские опыты.
Несмотря на попытки турецкого правительства скрыть резню, тысячи беженцев вскоре достигли западных стран. Международное сообщество призвало турецкие власти к ответу, но это не остановило чисток. Спаслись те армяне, кто проживал на территории занятой российскими войсками, и ставшие партизанами в горах Анатолии.
Почти сразу после окончания войны националисты из «Дашнакцутюн» начали операцию «Немезис», дабы отомстить лидерам младотурков. Трое из четырех виновников геноцида были убиты в ближайшие годы армянскими активистами, и только Энвер-паша смог скрыться в Средней Азии, где погиб в боях.