С апреля по май 1967 года происходит учащение боевых столкновений на сирийско-израильской границе. В своём выступлении в Кнессете 22 мая 1967, премьер-министр Израиля Эшколь возложил на Сирию ответственность за 113 инцидентов (подкладывание мин, диверсии) в период с мая 1965 по май 1967 гг. Кроме того, он обвинил Сирию в «возмутительных» обстрелах, включая артиллерийские, израильских фермеров и населённых пунктов, не вызванных какой-либо военной необходимостью. По результатам действий Сирии, с июня 1966 года, Израилем было подано 34 протеста в СБ ООН. Ряд источников приводят слова Моше Даяна, сказанные им в частной беседе с журналистом Рами Талем в 1976 году, о том, что около 80 % столкновений было спровоцировано Израилем. Комментируя слова М. Даяна, посол Израиля в США Орэн отметил, что, несмотря на наличие «элемента правды» в словах бывшего в те годы в политической оппозиции М. Даяна, следует учесть, что Израиль всегда рассматривал демилитаризованные зоны на своём севере, как часть его суверенной территории, которую он вправе обрабатывать. Кроме того, он отметил, что часть таких операций была связана с нарушением Сирией статус-кво в распределении водных ресурсов и поддержкой ею операций палестинцев против Израиля.
7 апреля1967, после обстрела с сирийской территории работавшего в демилитаризованной зоне израильского тракториста, израильтяне открыли ответный огонь. Этот инцидент привёл к столкновению ВВС Израиля и Сирии, в ходе которого было сбито 6 сирийских МИГов, из них 2 над Дамаском. В наземных столкновениях обе стороны использовали танки, а израильтяне подвергли сирийские позиции бомбардировкам и артобстрелу.
4 мая министр информации Сирии заявил: (эта битва будет) продолжена более серьёзными сражениями, пока Палестина не будет освобождена, а сионистское присутствие не закончится.
12 мая агентство во United Press International (UPI -информационное агентство США) опубликовало следующее сообщение: высокопоставленный израильский источник заявил, что Израиль предпримет ограниченную военную операцию с целью свергнуть дамасский военный режим, если сирийские террористы продолжат рейды с целью саботажа на территорию Израиля. Это будет решительный удар против сирийского правительства.
13 мая правительство Египта получило официальное уведомление правительства СССР о том, что израильские войска готовят нападение на Сирию, и что на северной границе Израиля с этой целью сконцентрировано от 11 до 13 израильских бригад. Датой предполагаемого израильского нападения было названо 17 мая. В тот же день, 13 мая, Сирия потребовала действий со стороны Египта для предотвращения предполагаемого нападения со стороны Израиля. Начальник египетского генерального штаба Мухамед Фавзи срочно вылетел в Дамаск для консультаций.
Затем ситуация развивается очень стремительно. Египет мобилизует свои силы в зоне Суэцкого канала и вокруг неё. В день независимости Израиля, египетские войска были переброшены на Синай и начали концентрироваться у израильской границы. Египет обвиняет Израиль в угрозе агрессии по отношению к Сирии и подтягивает к границе на Восточном Синае несколько дивизий. Египет требует от ООН вывести войска безопасности ООН, патрулировавшие линию прекращения огня 1948-1956г. Генеральный секретарь ООН У Тан пытается убедить правительство Египта отказаться от требования эвакуации войск. Он также просит у Израиля разрешения разместить войска ООН с израильской стороны границы, однако получает отказ от обоих правительств.
17 мая два египетских МиГа пролетели над территорией Израиля — с востока (из Иордании) на запад. Их полёт прошёл точно над израильским ядерным центром в Димоне.
Вскоре после полудня (по гринвичскому времени), египтяне приказали отряду из 32 солдат ООН, занимавшему наблюдательные посты в Шарм-эш-Шейхе, эвакуироваться в течение 15 минут. Официальное египетское требование до сведения Генерального секретаря ООН У Тана было доведено лишь в 4 часа дня. У Тан немедленно отдаёт распоряжение вывести войска. После поспешного ухода сил ООН, каирское радио «Голос арабов» заявило: С сегодняшнего дня больше не существует чрезвычайных международных сил, защищающих Израиль. Мы более не будем проявлять сдержанность. Мы далее не будем обращаться в ООН с жалобами на Израиль. Единственным методом воздействия, который мы применим в отношении Израиля, станет тотальная война, результатом которой будет уничтожение сионистского государства".
Министр обороны Сирии Хафез Асад (отец Башара Асада), заявил: "Наши силы сейчас полностью готовы не только к отражению агрессии, но и к началу процесса освобождения, к уничтожению сионистского присутствия на арабской земле. Сирийская армия держит палец на спусковом крючке…. Я, как военный человек, уверен, что пришло время вступить в войну на уничтожение".
Но все пошло не так, как было запланировано, мягко говоря.
25 мая военный министр Египта Шамс эд-Дин Бадран вылетает в Москву. Он просит у советского руководства разрешения атаковать Израиль. Однако председатель Совета Министров СССР Косыгин не даёт советского одобрения для «превентивной атаки против Израиля», заявив, что «Советский Союз против агрессии». Вернувшись в Египет, Бадран информирует Насера, что СССР не разрешает Египту атаковать первым, но что СССР обязуется вмешаться в военный конфликт в случае если США вступят в войну на стороне Израиля. В связи с этим Насер информирует военное командование Египта, что Египет будет вынужден выдержать удар, который Израиль нанесёт первым. Командующий ВВС Египта генерал Судки Махмуд заявляет Насеру, что такая тактика будет губительной.
Рано утром самолёты израильских ВВС, находясь над восточной частью Средиземного моря, повернули на юг и нанесли удары по всем аэродромам Египта, фактически уничтожив египетские ВВС. Позднее были разгромлены ВВС Иордании и Сирии, нанесён значительный ущерб иракским ВВС в районе Мосула.
Подготовка к внезапному израильскому авиаудару проводилась в атмосфере полной секретности. В день начала войны, ранним утром агенты израильских спецслужб пробрались на крышу посольства США в Тель-Авиве и вывели из строя установленную там антенну слежения, чтобы не дать США возможности засечь вылет израильских самолётов. Сами израильские пилоты узнали о предстоящей операции лишь за 5 часов до авиаудара.
По окончании войны все страны понесли потери в живой силе и технике, данные о которых до сих пор не установлены.