Изабелла Комнина родилась в 1172-ом году, в городе Наблус, государстве Палестина. Её отцом был король Амори I, а матерью его супруга Мария Комнина. У Изабеллы был старший брат Болдуин, а также сестра Сибилла, которые также были королевскими престолонаследниками. Отец Изабеллы умер, когда та была ещё маленькой, её мать вышла замуж во второй раз. Избранником оказался крестоносец Белиан II Ибелин.
Изабелла вместе с братом и сестрой переехала во дворец отчима, где и жила до самой юности. Благодаря историкам тех времён, мы можем судить о внешности Изабеллы, например Имадуддин аль-Исфахани, арабский писатель, описывал Изабеллу как высокую стройную девушку с чёрными волосами и нежной светлой кожей, а также большими тёмными глазами и аккуратным маленьким носом.
В 1180-ом году мать Изабеллы приняла решение выдать дочку замуж за лорда Онфруа де Торона. Инициатором свадьбы был брат Изабеллы, Болдуин. На тот момент он являлся королем, а Изабелла, как прямой потомок, могла претендовать на должность королевы. Помимо этого, Болдуин также болел проказой и хотел, чтобы престол заняли его дети, а не одна из сестёр. За свою болезнь в народе его называли "Прокажённый".
Родители Онфруа полностью поддерживали политику Болдуина, поэтому сразу же после свадьбы перевезли невестку в свой дворец, где стали ограничивать её общение с родными. В итоге всё дошло до того, что каждый день комнату Изабеллы проверяли слуги, так как тёща и зять Изабеллы переживали, что Мария Комнина, мать Изабеллы, будет отправлять дочери послания и захочет возвести её на престол.
Так как контроль за Изабеллой возрос, девочка всё свободное время стала проводить за чтением книг и наукой. Благодаря этому Изабелла была довольно умной по тем меркам девушкой. В браке с Онфруа она родила дочь Марию, будущую королева Иерусалима. Болдуин хотел, чтобы после его смерти престол заняли его дети, но так как их в браке у него не было, следующим королем и королевой должны были стать Сивилла и её супруг.
Однако граф разочаровывал короля и король решил лишить сестру права на наследство, её муж тоже лишался всех привилегий. Болдуин V умер, но перед этим написал завещание, согласно которому все права переходили к его племяннику, сыну Сибиллы от первого брата - Болдуину младшему. После смерти Болдуина V в 1186-ом году, короновали принца Болдуина младшего.
Однако порядок престолонаследия был ликвидирован и вместе с Болдуином короновали и его мать, и отца. Мать Изабеллы вместе с отцом не хотели видеть на престоле не образованную Сибиллу и её мужа. В 1187-ом году случилось страшное происшествие: на территорию империи вторгся Салах-дин - египетский шах, который завоевал практически всю территорию, не считая крепости Тир.
Сибилла и две её дочери умерли в ходе эпидемии. Изабелла стала наследницей трона. Её, мать, Мария Комнина, пыталась добиться власти для дочери. Но что же из этого вышло?