Мандрагора в древности широко использовалась в народной медицине, магии, колдовстве, а позже и в алхимии. В первую очередь потому, что растение имеет снотворные и возбуждающие свойства. Корень мандрагоры внешне похож на нижнюю часть тела человека. Мандрагора в буквальном переводе означает "висельник". Существовало поверье, что это растение произошло из поллюции повешенного человека или его последнего вздоха, а также о том, что мандрагора выросла там, где был создан Адам.
Это растение часто связывают с нечистой силой, с дьяволом. По преданиям ночью мандрагора светится, поэтому ее называют «свечой дьявола», «цветком ведьмы». Колдуньи собирали корень ночью под виселицами, на которых умерли не раскаявшиеся преступники, омывали его в вине и обертывали в шелк или бархат и только после этого могли использовать для своих колдовских целей. Считалось, что с помощью мандрагоры можно лишить человека красоты и рассудка. Юноши носили кусочки мандрагоры в качестве любовного амулета.
Мандрагора использовалась во многих микстурах, таких как любовные напитки или лечащая мазь. Часто ее спрятали в секретных шкафах, потому что обладание мандрагорой могло выставить владелицу как ведьму. Можно было получить обвинение в колдовстве. В 1630 году три женщины в Гамбурге были казнены из-за хранения растения.
Тот, кто услышит стон, издаваемый мандрагорой при её выкапывании из земли, должен был умереть. Чтобы избежать смерти при выкапывании растения рядом сажали на привязь собаку, которая, как считалось, погибает в агонии.
Целый корень мандрагоры, размещенный над дверью, даст защиту дому, изобилие и процветание. Туда, где находится корень мандрагоры, никогда не смогут проникнуть демоны. Есть поверье, что помещенные около корня деньги умножаются вдвое. Так же мандрагора рекомендовалась для обнаружения сокровищ.
Мандрагора считалась важным компонентом зелий для беременности. Глубокие корни имела вера в возбуждающую силу растения и её роль в зачатии плода. Известно библейское предание о мандрагоровых яблоках , к помощи которых прибегли для обеспечения зачатия Лия и Рахиль. В Греции верили, что Афродита и Церцея с помощью колдовского снадобья из мандрагоры возбуждали в людях влечение и любовь.
Мандрагора использовалась во времена Плиния, Средневековье, В Елизаветинскую эпоху в качестве обезболивающего средства при операциях. Также ее использовали в качестве наркотика.