Трагедия начинается с авторского посвящения друзьям молодости Гёте, с которыми он связан множеством жизненных перипетий, и кого уже давно рядом с ним нет. Следующая часть – «Театральное вступление», где между Директором театра, Поэтом и Комическим актёром ведется беседа. В ней герои обсуждают проблему соответствия высокой поэзии, с ее истинным назначением, требованиям толпы. Как достигнуть гармоничного сочетания высокого искусства с успехом и популярностью.
В «Прологе на небе» развивается проблема «небес, земли и ада». Главными действующими лицами здесь становятся Бог, Мефистофель, архангелы, а также впервые упоминается имя Фауста. В беседе с владыкой тьмы Господь приводит Фауста в пример как самого верного и усердного своего раба. В ответ Мефистофель берется раскрыть настоящую сущность ученого и объясняет его рвение желанием получить награду за свои старания. Тогда Бог разрешает Мефистофелю испытать Фауста всеми возможными земными наслаждениями и соблазнами, будучи уверенный в его неизменной преданности.
Ученый проводит дни и ночи в своем мрачном, терзаемый своими мыслями. За свою долгую жизнь Фауст многое изучил, многое узнал, но он прекрасно понимает, что, несмотря на всю свою ученость, так и «остался дураком». В отличие от своего недалекого ученика Вагнера, Фауст осознает ограниченность человеческого разума и возможностей науки, их беспомощность перед лицом природы и всего мироздания, полных бесконечных тайн и загадок. Фауст несчастен оттого, что вся жизнь его была прожита напрасно, а все попытки познать истину оказались тщетными.
Но однажды в облике черной собаки ему является Мефистофель, а затем предстает перед Фаустом собственной персоной в одеянии студента. В отличие от Вгнера, неизвестный гость гораздо более умен и куда более проницателен. В разговоре с Фаустом он затрагивает самый корень проблемы, так терзавшей несчастного ученого. Мефистофель насмехается над людской беспомощностью и человеческим уделом.
В другой раз он является Фаусту в нарядной одежде и зовет его с собою, чтобы развеять черную тоску. И если полученное наслаждение захватит ученого настолько, что он никогда не захочет с ним более расставаться, это будет означать полное порабощение Фауста Мефистофелем. Между ними заключается сделка, которая скрепляется кровью, после чего оба отправляются в путешествие. После выпитого зелья, Фауст вновь становится молодым, полным сил, красоты и желаний. Теперь он полностью уверен в своей решимости познать истину и обрести настоящее счастье.
Первым соблазном Фауста стала невинная пятнадцатилетняя девушка Маргарита из простой семьи, неискушенная, бесхитростная натура. Встретив молодого героя, она моментально влюбляется в него, между ними вспыхивает взаимная страсть. Чтобы мать не мешала их с Фаустом свиданиям, Маргарита каждый раз подсыпала ей в напиток снотворное. Но однажды влюбленных застал брат девушки Валентин. Между ним и Фаустом разгорелся скандал, Валентин кинулся в драку, и Мефистофель обнажил шпагу. Фауст последовал его примеру и также ввязался в бой, заколов брата своей возлюбленной. Перед смертью Валентин проклинает гулящую сестру, обрекая ее на вечный позор. Вскоре от рук собственной дочери умирает мать Маргариты. Выясняется, что подсыпая в очередной раз снотворное, девушка не рассчитала дозу, и мать больше не проснулась. Об этом Фауст узнает не скоро, потому как, совершив убийство, был вынужден бежать из города от законного преследования. Позже Маргарита рожает дочку, но умертвляет ее, утопив в реке, дабы спастись от людского гнева. Теперь она заключенная, ожидающая в темнице собственную казнь.