Разработка атомного поезда «Баргузин» началась в России в 2012 году. Он проектировался на базе советского БЖРК (боевого железнодорожного ракетного комплекса) «Молодец», который был снят с боевого дежурства в 2005 году согласно договору с США, предусматривающему ограничение стратегических наступательных вооружений. Однако в дальнейшем развертывание американских систем ПРО вблизи российских границ побудило Минобороны РФ возобновить стратегические ядерные программы.
Основным преимуществом железнодорожного носителя перед грунтовым является скрытность. Благодаря спутниковым разведывательным системам, вероятному противнику известны все стационарные и мобильные пусковые установки. А ядерный поезд, внешне практически неотличимый от гражданского, способен перемещаться по стране абсолютно незаметно.
К 2014 году эскизный проект поезда был завершен. В качестве основной ракеты комплекса была выбрана МБР «Ярс», способная преодолевать до 10 тысяч километров с отклонением от цели не более 100 м. В одном поезде было решено использовать 6 боевых вагонов в комбинации с "пустышками" для прикрытия. К 2020 году планировалось принятие на вооружение пяти полков «Баргузина».
Главным недостатком советского БЖРК, был высокий износ ходовой части и железнодорожного полотна, вызванный слишком большой массой. В «Баргузине» этот недостаток был исправлен. Ракеты РС-24 «Ярс» имеют массу менее 50 тонн, в то время как советские РТ-23 весили более 100 тонн, при нормах в 50-70 тонн на вагон.
Весной 2016 года начались работы по созданию первых элементов поезда, а осенью стартовали испытания ракеты на космодроме «Плесецк». Однако спустя год, из-за стремительного развития гиперзвукового межконтинентального комплекса «Авангард», проект ядерного поезда был заморожен (финансирования на одновременную реализацию двух крупных проектов не хватило)
Тем не менее, Минобороны заявило, что Россия не собирается окончательно отказываться от ракетных поездов, и после 2027 года работы по «Баргузину» могут быть возобновлены.