Большинство крупных промышленных центров в России имеют плохое качество воды. Каспийское и Черное моря, Азовское море, река Волга и озеро Байкал страдают от загрязнения воды.
Все крупные реки европейской части России, в том числе Волга, Дон, Кама, Кубань и Ока, имеют в 10-100 раз превышающие допустимые уровни вирусов и бактерий. Сток сельскохозяйственных химикатов вызывает цветение водорослей, которые уменьшают количества кислорода в воде, убивая рыбу.
Другая проблема это плотины. Например, вода, поступавшая на Волгу, без плотины текла с одного конца на другой 50 дней и химические вещества не оседали. Теперь это занимает 180 дней тяжелые химические вещества и тяжелые металлы оседают на дне. Плотины, которые обеспечивают электричеством Транссибирские железные дороги или заводы, затопили большие лесные массивы.
Дамбы и водохранилища делают реку легкой для навигации и вырабатывают некоторое количество электричества (хотя и не так сильно, как предполагалось, потому что вода медленно проходит через турбины), но они также создали экологические проблемы. Дамбы нарушают нерестовые маршруты. Медлительность течения создает почву для размножения рыбных паразитов.
Азовское море страдает от засоления, перелова и промышленного загрязнения. Загрязнение в Каспийском море сильно повредило лов рыбы там. По некоторым оценкам, 15 процентов российской воды пострадало от сброса токсичных отходов.