Место первого появления карася херабуна - маленькое озеро под названием Ёго, что располагается к северу от озера Бива в префектуре Сига. Это действительно маленькое озеро, его периметр составляет примерно 6 километров, и даже в самой глубокой части наибольшая глубина достигает лишь 13 метров. Предком херабуна считается карась генгоробуна, обитавший именно в водной системе озера Бива, которая включает в себя и озеро Ёго. На станции Ёго одной из главных японских железнодорожных линий Хокурику размещена вывеска, информирующая о том, что данная местность известна как «Место появления херабуна».
Касательно происхождения наименования «генгоробуна» рассказывается, что оно было присвоено этой рыбе с того времени, когда рыбак по имени Генгоро выловил и преподнёс своему господину огромного высокотелого карася, обитавшего в озере Ёго.
Впоследствии японцы стали заниматься разведением генгоробуна для потребления в пищу, исходя из быстрых темпов роста, характерных для этой рыбы, а во второй половине 30-х гг. периода Мэйдзи (1868-1912) была выбрана разновидность высокотелого карася с ещё более высокими темпами роста и искусственно скрещена с генгоробуна, в результате чего было произведено улучшение породы. Таким образом и был выведен подвид херабуна.
В то время херабуна ещё был известен как «каватибуна», что было связано с тем, что в Осака, в местности Кавати была сильно развита деятельность по разведению карася, которая стала одной из специализаций данной местности. Далее, в 1942 году в Кавати сформировалась Ассоциация по разведению пресноводных рыб, и «каватибуна» стала официальным наименованием.
Работы по пересадке рыб и зарыблению водоёмов в различных районах Японии, берут свое начало с периода Тайсё (1912-1926)
Работы по пересадке каватибуна и генгоробуна в другие местности проводятся уже достаточно давно: в середине периода Тайсё они были выпущены в озеро Дзёнума в префектуре Гумма, в начале периода Сёва – в озеро Касумигаура в префектуре Ибараки и в Пять озёр Фудзи в префектуре Ямадзаки, а также в озеро Онума на острове Хоккайдо. Таким образом, после выпуска херабуна в водоёмы в различных областях Японии, его скрещивание и дальнейшее размножение продолжалось естественным образом, по мере чего также постепенно менялись особенности поведения и форма тела этих рыб. Подобная разновидность карася называется «дзибэра» или «нобэра» (яп. «дикий карась»), и в настоящее время иногда классифицируется отдельно от херабуна, выпускаемой для разведения в водоёмы. Кстати, само наименование «херабуна» происходит от того, что изначально она называлась «хирабуна» (яп. «плоский карась») в связи с тем, что является высокотелой и по форме лопатовидной.
Рыбалка методом херабуна начала проводиться с периода Тайсё, и считается, что первым местом рыбалки был рыбный пруд в Кавати, Осака, где широко проводилось разведение данных рыб. А в регионе Канто рыбалка данным методом стала проводиться с начала периода Сёва (1926-1989), и известно, что рыбный пруд у предприятия по разведению рыб, находившегося в районе Камата, был первым местом проведения данной рыбалки.
В настоящее время херабуна выпускают в озёра, водоёмы, водохранилища и т.д. в различных областях Японии, и таким образом ловля методом херабуна сформировалась как один из видов рыбалки. Кроме того, в различных местностях создаются специализированные водоёмы для рыбалки как части рыбных прудов, в связи с чем, этот вид рыбалки завоевал большую популярность, особенно сейчас, когда любой может легко насладиться им.