Игра является продолжением Assassin’s Creed III, где главным героем является аналитик Абстерго.
В Золотой век пиратства , Эдвард Кенуэй, участвует в заговоре между высокопоставленными тамплиерами в британской и Испанский Империях, которые, прикрываясь антипиратскими действиями в Карибском море, хотят найти Мудреца — позже оказавшегося Бартоломью Робертом , который является единственным, кто может привести их к Обсерватории, устройству Первой Цивилизации, которое может следить за любым человеком в любой точке мира, когда ему предоставляют образец крови.