Первая церковь на этом месте упоминается в 1619 и в 1625 году. Церковь Рождества Иоанна Предтечи с Климентовским приделом построена в 1741 году фабрикантом Ф. С. Подсевальщиковым на месте более древней каменной церкви. Здание представляет собой редкий в Китай-городе образец скромного посадского храма. Высокий четверик, перекрытый сомкнутым сводом, был увенчан небольшим световым восьмериком с главой. Нижний ярус четверика объединен с трапезной и гранёной апсидой общим белокаменным карнизом сложного профиля. Углы всех частей здания выделены лопатками. Высокие окна второго света первоначально имели белокаменные резные обрамления и навершия, над ними — восьмигранные ниши, вытянутые по горизонтали (сейчас заложены). Северный Климентовский придел перестроен в 1822 году в простых ампирных формах и объединен с расширенной трапезной. В 1875 году с юга устроен придел Боголюбской Божией Матери. Церковь обновлялась в 1894 году. Храм Рождества Иоанна Предтечи на Варварке закрыли в 1920 году