Шкодран Мустафи родился 17 апреля 1992-го года в городе Бад-Херсфельд, Германия. В семье албанских иммигрантов. До переезда в Германию его семья жила в городе Гостивар (Gostivar), который находится на территории современной Македонии.
С детства Шкодран увлекался футболом и показывал неплохие результаты, так что уже ребенком родители отдали мальчика в молодёжную академии команды '1. FC Bebra', а впоследствии перевели в стан команды 'SV Rotenburg'.
В 2006-м году Мустафи начал выступать за молодежные составы клуба 'Hamburger S
Благодаря своим физическим данным он мог оказывать прессинг даже на самых быстрых игроков, а врожденное упорство делало его незаменимым игроком в те моменты, когда его команда должна была сокращать разрыв в счете. Игроком заинтересовались английские агенты, которые оказались нанятыми руководством команды 'Everton'. В течение трех сезонов игрок оставался в тренировочном лагере команды, работая как с наставниками молодежных сборных, так и с тренерами основного состава английской команды.
В 2012 году Шкодран вошел в состав 'Sampdoria'. Где стал главным игроком обороны. В 2013 году Шкодран забил свой первый гол в Итальянской лиге. Гол был забит в ворота Атланты.
В 2014 году Шкодран перешел в Валенсию. А уже в 2016 перешел в английский Арсенал. Где играет до нынешнего времени.
Что насчет карьеры Мустафи выступал в сборной Германии U-19 два года с 2010. В 2013 играл на чемпионате Германии U-21. После чего четыре года подряд играл в сборной Германии в разных турнирах.За этот промежуток времени Шкодран успел выиграть: Чемпионат мира, лигу европы 2019-20.