В самом начале Великая Французская революция была встречена в немецких землях с большим энтузиазмом, однако вскоре отношение к Парижу резко изменилось В 1792 г. после весьма недолгого правления умер профранцузски настроенный Леопольд II, и на имперский трон взошел Франц II. Спустя несколько месяцев Священная Римская империя начала войну с революционной Францией.
Боевые действия, развивавшиеся сперва довольно успешно, закончились целой цепью катастроф, которые уничтожили саму Империю и едва не погубили Астрию. После разгрома Наполеоном в 1797 г. I коалиции союзников, Пруссия временно вышла из борьбы, но Вена продолжала воевать в составе II коалиции, что закончилось для ее полным поражением. Империя уступала Франции весь левый берег Рейна. Собранный для обсуждения создавшегося положения в 1803 г. рейхстаг перекроил карту Священной Римской империи, уничтожив все мелкие немецкие государства. В следующем году Франц II провозгласил Австрию империей, после чего крушение старого государственного устройства немецких земель стало только вопросом времени.
Участие Австрии в III антифранцузской коалиции закончилось взятием Вены Наполеоном и отречением Франца II от престола Германской империи. Теперь он правил только Австрией под именем Франца I, а сама Священная Римская империя прекратила свое существование. Менее чем за месяц до этого, 17 июля 1806 г. в Париже правители 36 германских государств подписали договор о создании Рейнского союза. Подписи под этим документам поставили и два бывших имперских князя, который благодаря победам Наполеона стали королями – Баварский и Вюрттембергский. Вековой конфликт между императором и владетельными князьями закончился в пользу последних.
После создания Рейнского союза в Центральной Европе оставалось только одно государство, которое сохранило независимость от Франции, -- Пруссия. Прусский король Фридрих Вильгельм III в течении почти 10 лет благоразумно уклонялся от столкновения с Наполеоном, но теперь общественное имение требовало решительных действий, и он объявил Франции войну. В течении нескольких недель армия, созданная Фридрихов Великим, перестала существовать, а король бежал сперва в Кёнигсберг, а затем в Мемель. Фридрих Вильгельм надеялся удержать Восточную Пруссию при помощи русской армии, но сделать этого не удалось. По Тильзитскому договору Гогенцоллерны теряли польские территории и все земли в западу от Эльбы. Из великой державы Пруссия вновь превращалась в второстепенное государство.
Наполеоновское завоевание оказала на германские земли большое положительное влияние. Так, в Баварии была принята конституция. Многие немецкие политики в государствах, входящих в Рейнский союз, видели в поддержке Франции единственную возможность провести демократические реформы и перестроить экономику на капиталистический лад. Благодаря Наполеону, небольшие германские государства избавились от диктата Пруссии и Австрии.
Даже в Пруссии, где население было однозначно настроено против французов, военное поражение и зависимость от Наполеона позволили провести ряд весьма важных преобразований. Горький опыт неудачной войны наглядно показал, насколько несовершенной была государственная машина старой Пруссии, и заставил сплотиться наиболее прогрессивных государственных деятелей. Благодаря Карлу фон Штейну и Карлу Августе фон Гарденбергу было введено полное городское самоуправление, уничтожены барьеры между дворянском и средник классом, а также отменено крепостное право. Крестьяне могли выкупить свои феодальные повинности, заплатив их стоимость за 25 лет или уступив землевладельцу треть своего участка. В Берлине был основан университет. Одновременно шло реформирование армии, для чего был создан Военно-реорганизационный комитет во главе с Герардом Шарнхорстом. Также видную роль работе этой комиссии играли Нойдгард фон Гнейзенау и великий теоретик Карл фон Клаузевиц, основатель современного военного искусства.