Когда родился не известно.
Предположительно, родился в Тернополе (ныне Западная Украина). В раннем детстве попал в плен к крымским татарам. Далее бежал на Дон, где стал казаком. Его особые способности позволили стать Заруцкому одним из донских атаманов.
С самого начала Смуты был сторонником Лжедмитрия I, вместе с ним прибыл в Москву. Но потом вернулся на Дон. Оттуда после гибели Лжедмитрия I в 1606 году явился к Ивану Болотникову и Лжепетру. Вместе с ними он стоял под Москвой, а затем оборонял Тулу от войск царя Василия Шуйского.
Из Тулы Заруцкий отправился в Северские города отыскивать «царя Димитрия Ивановича», упорные слухи о чудесном спасении которого во время московского майского движения 1606 года держались на Руси. Осенью 1607 года благодаря своевременному удалению из Тулы, вскоре после этого взятой Шуйским, Заруцкий избежал неминуемой гибели.
В Стародубе Заруцкий нашел «царя Димитрия Ивановича» - Лжедмитрия II, и поступил к нему на службу. С этой поры начинается быстрое возвышение Заруцкого.
Статный, видный, смелый, энергичный, умный атаман пришелся по душе Лжедмитрию II и стал одним из приближеннейших к нему лиц. Наряду с указанными свойствами, Заруцкий отличался жестокостью, лукавством и неразборчивостью в средствах. Один из наблюдательных современников Смуты так характеризует его: «воевода же над казаческими полки был московской служилой ротмистр пан Иван Заруцкой. Сей бысть не нехрабр, но сердцем лют и нравом лукав».
Лжедмитрий II ценил в своем любимце безусловную преданность его своему делу, себе и выдающуюся распорядительность. Так Заруцкий, отправленный на Дон с целью привлечь на сторону Лжедмитрия II новые силы, сумел весною 1608 года привести в Орел к «царю Димитрию Ивановичу» пятитысячный отряд казаков. Затем ему и Александру Лисовскому были подчинены все казацкие войска Лжедмитрия II. Подобным образом при первом походе Лжедмитрия к Москве Заруцкий командовал правым крылом его армии.
В 1608 году Лжедмитрий II обосновался в Тушине, Заруцкий занял одно из первых мест в его совете.
Лжедмитрий пожаловал своего любимца саном боярина. Казацкий воевода оказал в это время много услуг делу Лжедмитрия. Особенно прославился он в день неудачной для «царя Димитрия Ивановича» битвы под Москвой. Это сражение, губительное для тушинцев, произошло в 1609 году, в Троицын день, и началось нападением их войск на предместья Москвы.
Большой отряд подошел к столице, разбил высланных против него москвичей, прогнал их до самого города, возвратился и стал за Ходынкой на берегу. Царь Василий Шуйский выслал против тушинцев свои войска с пушками и гуляй-городами. Поляки овладели было этими гуляй-городами, но в это время к москвичам подошли значительные подкрепления. Тогда войско Шуйского перешло в наступление, отбило свои гуляй-города, погнало неприятеля и чуть было не ворвалось в самое Тушино. Но здесь то подоспел Заруцкий со своими донскими казаками. Он вступил в жаркий бой с москвичами и сумел удержать их на реке Химке.
По своему западнорусскому происхождению он имел хорошие связи с поляками. Когда Лжедмитрий II вынужден был в августе 1609 года бежать из Тушина в Калугу, Заруцкий обнаружил склонность примкнуть к сторонникам короля Сигизмунда и во время совещания многих влиятельных тушинцев с его послами согласился не признавать ни Шуйского, ни Лжедмитрия.
Даже тогда, когда большинство донских казаков потянулось в Калугу к Лжедмитрию II, бывший атаман не последовал за ними, а предпочел отправиться в стан польского короля под Смоленск. Оттуда Заруцкий с войском гетмана Станислава Жолкевского отправился походом на Москву. Но отношения между родовитым талантливым паном и выскочкой тушинским «боярином» не наладились.
Вследствие этого Заруцкий вернулся к Лжедмитрию в Калугу и верно служил ему до дня гибели того, то есть до декабря 1610 года. Смерть Лжедмитрия поставила перед его «боярином» вопрос: договориться ли с поляками, или действовать на свой страх. Сначала Заруцкий вел переговоры с Яном Сапегой. Но не договорился.
Известно, что Иван Заруцкий был любовником Марины Мнишек, отцом её сына Ивана Ворёнка.