Отношения между Россией и ОБСЕ всегда были неоднозначными, однако во второй половине 1990-х годов между ними открыто начали появляться признаки охлаждения. Это было вызвано тем, что ОБСЕ не смогла себя в должной мере проявить в ходе урегулирования конфликтов на территории Югославии и на постсоветском пространстве. Также проблема заключалась в том, что наблюдатели ОБСЕ по вопросу обеспечения прав человека не только не поддержали Россию во время федерального вмешательства, а наоборот заняли такую позицию, которая для Москвы была недопустимой.
К тому же были разногласия по поводу Приднестровья, ОБСЕ требовала вывода оттуда российских войск.
Пик разногласий между Москвой и ОБСЕ был достигнут на Стамбульском саммите Организации в 1999 г., когда после всех неудовлетворительных формулировок по чеченской и приднестровской проблемам президент Ельцин в ходе диалога с западными партнерами поставил под сомнение дальнейшее сотрудничество, и в том числе по поводу продления Россией нового Договора об обычных вооруженных силах и вооружениях в Европе(ДОВСЕ).
Несмотря на все проблемы, в тот момент удалось достигнуть компромисса, однако осложнение отношений России с ОБСЕ нашло отражение в Концепции внешней политики РФ, которая создавалась в «кризисный» период и была принята в 2000 г.
С одной стороны, в Концепции указывалось то, что Россия и в дальнейшем заинтересована в сотрудничестве с ОБСЕ, однако отмечалось, что РФ не допустит её вмешательства на постсоветское пространство и Балканы.
Несмотря на это, Организация по безопасности и сотрудничеству в Европе осуществляла активное наблюдение в Грузии-Абхазии, в Молдове-Приднестровье и наконец на востоке Украины.
Тем самым можно сказать, что разногласий между РФ и ОБСЕ предостаточно, однако тесное сотрудничество в сфере конфликтного регулирования между ними не теряло своей актуальности и значимости на протяжении нескольких десятилетий.