Автомобили 1965–1966 годов были самыми маленькими и легкими из моделей GT 350. Эти автомобили часто называют «Кобрами», это был спортивный двухместный автомобиль на базе двигателя Ford, также выпускаемый Shelby American в тот же период. Обе модели используют эмблему Cobra, схожую схему окраски и опциональные крышки клапанов «Cobra» на многих GT350, которые были частью маркетинговой привязки Шелби, а также один из его символических символов. У всех автомобилей 1965–1966 годов был установлен двигатель "Windsor" мощностью 289 куб.см. (4,7 литров). K-Code мощностью 271 л.с. (202 кВт; 275 л.с.) V8 модифицированный с большим 4-цилиндровым карбюратором "Holley 715 CFM". Маркетинговая литература упоминает этот двигатель как «хай-ризер Cobra» из-за его впускного коллектора. Начиная с серийного "Mustang" с 4-ступенчатой механической коробкой передач и 9-дюймовым задним мостом.
Автомобили были отправлены в Shelby American, где они получили коллекторы повышенной проходимости "Tri-Y" и получили более крупные задние барабанные тормоза ordd Galaxie с металлическими накладками и передними дисковыми тормозами Kelsey-Hayes. В 1965 году GT350 не был построен для комфорта или простоты вождения. Было 34 гоночных автомобиля "GT350R", специально созданных для соревнований по правилам SCCA и модель три года подряд была чемпионом B-Production. В 1966году GT350 был более удобен для случайных водителей, включая задние сиденья, дополнительные цвета и дополнительную автоматическую коробку передач.
В 1966 году GT350 потерял свой тег Mustang и продавался просто как Shelby GT350. В новом модельном году также появились не белые цвета, включая синий, красный, зеленый и черный. Другие изменения включали в себя специальные окна задней четверти, заменяющие заводские вытяжные отверстия, функциональные тормозные ковши с каждой стороны, опциональный трех скоростной автоматический переключатель SelectShift, а также дополнительный нагнетатель Paxton.