Первое мусульманское население в Тбилиси появляется с 8-го века, вскоре после того как город был взят арабскими завоевателями, и с тех пор оно становится неотъемлемой частью города, его особого духа и колорита.
По сведениям историков, в средние века в Тбилиси было семь мечетей. До двадцатого века из них сохранилось только две – одна на улице Ботанической, ведшей подъемом к ботаническому саду города – в сравнительно хорошо сохранившейся старой части Тбилиси, и другая, так называемая Голубая Мечеть, построенная в 1522 году на скалистом возвышении над рекой Кура, вблизи знаменитого Метехского храма, ставшего своеобразной визитной карточкой города.
Мечеть была построена шахом Исмаилом I из азербайджанской династии Сефевидов. Местные мусульмане называют её также мечетью Шаха Абаса (шах Аббас I Великий был правителем Сефевидского государства, писал стихи на азербайджанском языке).
По мнению грузинского историка Платона Иоселиани это была первая мечеть в Тбилиси, однако учитывая историю города, это сведение выглядит не очень убедительно.
Голубая Мечеть простояла до середины двадцатого века и была разрушена по личному указу Лаврентия Берия. Причиной тогда приводилось, что мусульманские народы города, большей частью азербайджанцы, страстно вовлечены в строительство коммунизма и в лишней мечети не нуждаются.
Примерно в такой форме был задан вопрос азербайджанскому коммунисту Нариману Нариманову, и тому не хватило дерзости возразить Берия. Также якобы градостроители посчитали, что Мечеть в данном месте мешала строительству нового моста, которое только начиналось.
Но вероятнее всего место было слишком видным и мечеть раздражала глаз грузинских партийных деятелей, которые не чурались решать судьбу грузинских церквей подобным же образом. Удалось сохранить только изразцы покрытия минарета, они хранятся в отделе Востока в Музее Искусств Грузии.
Мечеть стояла довольно близко от реки Мтквари и по воспоминаниям современников, в весенний период, когда набережная не была еще построена, вода подходила к мечети настолько близко, что со входа можно было различить в ней рыбу, а переливы волн отдавали чудными бликами на сводах мечети.