За полгода были казнены 1182 стрельца, биты кнутом, клеймены и сосланы 601 человек. Следствие и казни продолжались еще почти десять лет, общее число казненных достигло 2000 человек. Не участвовавшие в бунте московские стрелецкие полки были распущены, стрельцы с семьями высланы из Москвы, и их было даже запрещено принимать в солдаты. Нескольких стрельцов царь казнил собственноручно. а напротив кельи Софьи Петр повесил троих стрельцов с челобитными к ней, и они висели там ей в назидание пять месяцев. А всего у стен Новодевичьего монастыря он повесил 195 стрельцов.