Известный блогер Василий Уткин рассказал о диалоге между представителем «Локомотива» и одним из футбольных чиновников, в котором была затронута тема поведения главного тренера «железнодорожников» Юрия Сёмина.
«Сразу предупреждаю: эту историю мне рассказали, поэтому за что купил, за то и продаю и убираю из неё все имена. Потому что меня же там не было. Короче говоря, представительное собрание. Типа исполкома РФС, хотя и не он. И обсуждается вопрос о том, что после Нового года нельзя будет критиковать судей после матчей ни в каких выражениях. Нужно дать им время, чтобы они окрепли, встали на ноги, каким-то образом поверили в себя. Как это сделать без критики, я не понимаю, потому что она начнётся и…
Короче, об этом идёт разговор. С этим более или менее все соглашаются, и тут представитель «Локомотива» говорит: «Ну хорошо. Я-то, предположим, пообещаю, что наш клуб не будет ничего комментировать. Но у нас же есть Юрий Палыч Сёмин. Как я ему скажу «Юрий Палыч, на послематчевой пресс-конференции не говорите того-то»? Я и так ему это каждый раз говорю, а он говорит и говорит. Разное. На что ему говорят: «А вы его увольте», — сказал Уткин в ролике на своём канале в YouTube.
26 августа 2016 года Семин был вновь назначен главным тренером московского «Локомотива» (в четвёртый раз за карьеру). В первом матче после возвращения Сёмина «Локомотив» со счётом 2:1 одержал победу над «Краснодаром». 2 мая 2017 года Юрий Сёмин в пятый раз в карьере выиграл Кубок России, обойдя по количеству побед в турнире Валерия Газзаева, который четырежды приводил к трофею ЦСКА.
4 мая 2018 года Юрий Сёмин продлил контракт с клубом по схеме «1+1». 5 мая 2018 года «Локомотив» после 14-летнего перерыва стал чемпионом России.
22 мая 2019 года Юрий Сёмин в шестой раз в карьере выиграл Кубок России. 6 июля 2019 года Юрий Сёмин в третий раз выиграл Суперкубок России.
29 февраля 2020 года в гостевом матче 20 тура против Зенита, Семин получил желтую карточку в первом тайме за споры с арбитром, а спустя несколько минут был удален.