Второй сезон частично основан на сюжетной линии The Six Arms Saga серии комиксов The Amazing Spider-Man. В отличие от первого сезона, второй сезон уже имеет официальное название. Он более упорядоченный и представляет из себя одну большую историю о том, как Человек-Паук переживал некий Неогенный кошмар — превращаясь в Сверхпаука (настоящего гуманоидного паука), он терял силы, и его структуры клетки — ДНК постоянно менялись, что было весьма неприятно, несмотря на то, что ему уже давно было ясно, что он — мутант. Также в этом сезоне Паук обретает первых союзников: Люди Икс, Мститель (в комиксах — Блэйд) и Каратель (который сначала являлся противником). Также в сезоне появляются новые враги: Гидромен, Морбиус, Каратель,Стервятник, Серый камень (в комиксах — Тумстоун), Твёрдый лоб (в комиксах — Кувалда), Седовласый. Также под руководством Амбала появляется первый состав Коварной шестёрки.
Краткий список серий:
14. Коварная шестёрка
После побега из тюрьмы объединились враги Человека-Паука, а он начинает терять свои силы.
15. Сражение с коварной шестёркой
Человек-паук дает бой недавно собранной «Коварной Шестёрке», полагаясь на ловкость и хитрость и подставляя тем самым Амбала.
16. Гидромен
Морри Бенч, бывший парень Мэри-Джейн, стал водяным мутантом по прозвищу Гидромен и хочет вернуть себе девушку.
17. Страсти по мутантам
Человек-Паук, борясь со своей слабостью, сталкивается с Людьми Икс и оказывается в центре подковёрной борьбы между Уильямом Лэндоном и мутантами.
18. Месть мутантов
Ненавистник мутантов Лэндон сам становится мутантом, в бой вмешивается Хобгоблин… Человеку-Пауку предстоит спасти Тварь (Зверя).
19. Морбиус
Майкл Морбиус метит на место помощника доктора Коннорса и ворует наработки Питера Паркера, но превращается в результате опыта в вампира.
20. Появление Карателя
Приняв сыворотку доктора Кроуфорд, Паркер пережил мутацию — на его теле появились шесть человеческих рук. На сцену выходит Каратель, желающий лично поймать Человека-Паука, а доктор Кроуфорд зовёт на помощь Крэйвена.
21. Поединок охотников
Каратель продолжает свою охоту на Паука, Морбиус всё ещё на свободе и не может побороть свой голод, а Крэйвен и доктор Кроуфорд спешат спасать ещё больше мутировавшего Человека-Паука.
22. Охотник за вампирами
Убийца вампиров Блэйд охотится на Морбиуса и конфликтует с Человеком-Пауком, поскольку не считает Морбиуса достойным спасения.
23. Бессмертный вампир
Детектив Терри Ли, расследовавшая дело Морбиуса, знакомится с Блэйдом и Уистлером. Пытаясь спасти Морбиуса, Человек-Паук, Блэйд и детектив Ли приходят в его логово.
24. Плита времени
Учёные обнаруживают Плиту времени, способную возвращать молодость старым людям. Амбал и Седовласый борются за плиту, используя своих вышибал по имени Твёрдый Лоб (Кувалда) и Серый Камень (Могильщик) и гений Смайта, а также хотят выведать у доктора Коннорса её секрет.
25. Неумолимое время
Амбал похищает дочь Седовласого и требует от Коннорса раскрыть секрет плиты. Седовласый крадёт жену Амбала и хочет вернуть себе молодость любой ценой. Человек-Паук может спасти Коннорса, только если враги начнут грызть друг друга.
26. Крик стервятника
Эдриан Тумс по кличке Стервятник мечтает вернуть себе молодость и забирает её у других живых людей, ведя при этом войну против Нормана Осборна.
27. Последний Неогненный кошмар
Стервятник забирает жизненные силы у Человека-Паука, но ему передаётся его же вирус. Чтобы спастись, он заключает сделку со Скорпионом и пытается выторговать себе молодость у Коннорса.
Пару кадров второго сезона:
Всё вернулось на круги своя и вроде бы не чего не предвещает беды, но....
До встречи в следующей публикации! Всем удачного вечера!