В 1995 году, находясь в офисе своего Росбизнесбанка, он вдруг впал в кому и умер, не приходя в сознание. Врачи терялись в догадках. На следующий день после Кивелиди умерла его секретарша Зара Исмаилова от похожих симптомов. Проводившим обыск в кабинете оперативникам, тоже стало плохо, и их увезли в больницу. Тогда вызвали санэпидстанцию и специалистов Гражданской обороны. Яд обнаружили на мембране телефонной трубки. Когда жертва говорила, частички вещества проникали в поры лица, постепенно отравляя организм. Вскоре от яда умер патологоанатом, вскрывавший тело Кивелиди. На похоронах бизнесмена присутствовали премьер-министр Черномырдин, мэр Лужков, экс-президент Горбачев и другие высокопоставленные лица. Подозрение в ходе расследования пало на партнера жертвы Владимира Хуцишвили, которому удалось бежать из страны. Однако в 2006 году после возвращения в Россию, он был схвачен и осужден. Суд проходил в закрытом режиме, т.к. в деле упоминалась секретная формула яда, произведенного в лаб