В 1979 году появилась еще одна модернизация — ЗАЗ-968М, которая обладала прямоугольными задними фонарями вместо круглых, новой выпуклой панелью передка со срединной черной полосой и надписью «968М», а также прямоугольными указателями поворотов. Кроме того на эту модификацию наряду с базовым устанавливался 50-сильный двигатель МеМЗ-968БЭ.
Конструктивно была изменена система охлаждения двигателя, где воздух стал поступать через штампованную решётку в крышке капота: «уши» были заменены на небольшие «жабры», где правая решетка использовалась для впуска воздуха, а левая — для выпуска.
