Большой Ферганский канал построен в 1939—1940 годах методом всенародной стройки (хашара).
Большой Ферганский канал несколько раз реконструировался: в 1953-1962 гг., 1964 г. и 1967 г. В 1966 г. Во время последней реконструкции каналу было присвоено имя узбекского советского государственного деятеля и министра хлопководства СССР в 1950-1953 гг. У.Ю. Юсупова.
Общая длина канала составляет 350 км и включает два тракта: верхний Нарынский (44 км) и нижний Карадарьинский (301 км), разделенные участком реки Карадарьи. На территорию Узбекистана приходится 283 км трасы канала, на территорию Кыргызстана – 12 км, а на территорию Таджикистана – 62 км. На Большом Ферганском канале построено более тысячи гидротехнических сооружений. На канале располагаются 9 плотин, 258 водовыпусков, 7 водосбросов, 8 акведуков и 101 мост для транспортных магистралей. В общей сложности, система Большого Ферганского канала орошает около 500 тыс. га земли.
Благодаря постройке Большого Ферганского канала вместе с Южным Ферганским каналом и Северным Ферганским каналом в 1940-1941 гг. значительно возрос объем орошения в Ферганской долине. Из-за этого в регионе был удвоен сбор хлопчатника.