Наруто родился в ночь на 10 октября и был сыном Намиказе Минато (Йондайме Хокаге) и Узумаки Кушины (второго Джинчурики Кьюби). Родители Наруто назвали его в честь главного героя первой книги Джирайи, что и сделало Саннина его крёстным отцом. До рождения Наруто, Сандайме Хокаге опасался, что роды Кушины ослабят печать, сдерживающую Кьюби внутри неё. Чтобы этого не произошло, роды Кушины происходили подальше за пределами деревни, с Сарутоби Бивако и Таджи в качестве её акушеров и несколькими представителями Анбу, и Минато, чтобы поддерживать печать на месте. Тем не менее, человек в маске отследил их местонахождение и после родов Кушины убил акушеров с Анбу, взяв новорождённого Наруто в заложники, что вынудило Минато спасать ребёнка и телепортироваться с ним в безопасное место.
С уходом Минато, Тоби захватил Кушину и извлёк из неё Кьюби, используя его, чтобы напасть на Коноху. Минато спас Кушину и оставил Наруто на её попечении, прежде чем отправиться защищать деревню, в конечном итоге победив Тоби и освободив Кьюби из-под его контроля. Вернувшись к Наруто и Кушине, Минато понял, что единственный способ остановить Кьюби — запечатать его в Наруто, полагая, что его сыну когда-нибудь понадобится сила лиса, чтобы победить Тоби, когда тот вернётся.Поскольку чакры у лиса было слишком много для запечатывания в младенце, Минато сначала использовал Фуиндзюцу: Шики Фуджин, разделив Кьюби на две части и запечатав в себе его половину Ин, а затем применил Хакке но Фуин Шики, запечатав в Наруто половину Ян. Прежде чем умереть, Минато и Кушина сказали Наруто, как сильно они любят его, после чего скончались от ранения, нанесённого Кьюби при попытке защитить Наруто.
Осиротевший, не имея родителей или кого-либо ещё, кто мог бы позаботиться о нём, Наруто получал ежемесячный доход от деревни на повседневные нужды. Наруто вырос в неведении, не зная, кто его настоящие родители, получив только фамилию своей матери, поскольку Сарутоби Хирузен хотел защитить Наруто от врагов его отца. Перед смертью, Минато выразил желание, чтобы жители Конохи считали Наруто героем, который помог победить лиса. Тем не менее, лишь немногие совладали с болью потери близких в результате катастрофы и последовали его предсмертному желанию, а большинство же, хотя и не зная об обстоятельствах рождения Наруто, открыто не признавало и презирало мальчика за то, что тот является сосудом Кьюби, который уничтожил их родные дома. Некоторые даже видели в Наруто воплощение самого Кьюби. Вскоре Сандайме Хокаге запретил кому-либо упоминать Кьюби, в надежде, что молодое поколение не будет слепо ненавидеть Наруто, как это делали их родители.Несмотря на это, сверстники Наруто подражали ненависти своих родителей к нему, хотя и не знали её истоков. Эта социальная изоляция привела к жажде признания у Наруто, которого он добивался за счёт своих хулиганских выходок.
В день своего зачисления в Академию,Наруто впервые встретил Хьюга Хинату, которою обижали три хулигана. Несмотря на то, что он не знал её, Наруто встал на защиту девочки, но из-за подавляющего большинства обидчиков, он был выведен из строя, а хулиганы порвали его красный шарф. Когда Наруто очнулся, Хината поблагодарила его за помощь и вернула ему шарф, но он позволил ей сохранить его. Он не знал, что возрастающие чувства привязанности девочки к нему начались с этого момента.
В Академии, Наруто стал учеником Умино Ируки, который выступал для Наруто кем-то вроде старшего брата, не давая ему погрузиться в одиночество и стимулируя на работу над собой. Там же Наруто впервые встретил своего одноклассника Учиха Саске и попытался подружиться с ним, так как он тоже был сиротой. Тем не менее, завидуя навыкам и популярности Саске,Наруто стал в одностороннем порядке соперничать с ним в надежде доказать, что сам он ничуть ни хуже Саске, если не лучше, желая, чтобы однажды Саске признал его как равного себе.Кроме того, Наруто сблизился с владельцем заведения Рамен Ичираку, Теучи, и его дочерью Аяме, поскольку те всегда были рады его видеть как своего любимого клиента.