Царские деревянные хоромы стали возводить в Измайловской резиденции уже при сыне Алексея Михайловича, царе Фёдоре Алексеевиче в 1676 г. Одновременно с ними строилась к юго-западу от них каменная домовая церковь, в нижнем ярусе которой был престол в честь Всех Святых, а в верхнем ярусе — во имя преподобного Иоасафа царевича Индийского. Под престолами храма были установлены медные закладные доски, где указывалось, что здание было заложено в 1678 г., а освящены — верхний храм 19 октября 1679 г., нижний на год позднее. Храм был соединён с царскими хоромами и составлял с ним единый ансамбль.
Почему церковь Иоасафа?
Посвящение церкви святому царевичу Иоасафу было связано с популярной в XVII в. «Повестью о Варлааме и Иоасафе». В ней пересказывается житие индийского царевича, который под влиянием своего наставника монаха Варлаама принял христианство и стал отшельником, прожив жизнь со своим учителем в пещере, а после его смерти прожил ещё тридцать пять лет в одиночестве. Их нетленные мощи были перенесены в Индию. Этот сюжет часто встречается в XVII в. в церковной живописи. Повесть послужила основой для создания одной из первых пьес древнерусского театра. Наставник царских детей учёный монах Симеон Полоцкий написал стихи на этот сюжет и читал их в Измайлове царю Фёдору Алексеевиче в церкви святого Иоасафа в 1680 г.
Сохранился текст этих стихов, на котором сам Симеон Полоцкий сделал соответствующую запись. Симеон Полоцкий считал, что он является для своего любимого ученика таким же наставником, как Варлаам царевичу Иоасафу, и хотел воспитать из царевича Фёдора идеального просвещённого правителя, готового посвятить свою жизнь на благо подданных.Молодой царь Фёдор Алексеевич считал себя именно таким государем, поэтому посвятил первую из построенных им церквей святому Иоасафу. Как и при царе Алексее Михайловиче, царский двор Фёдора Алексеевича часто проводил летнее время в Измайлове. Туда начинали ездить в мае и находились почти всё время до 19 ноября — праздника святого Иоасафа.
В 1681 году к церкви была пристроена колокольня, которую возводили костромичи Михаил Иванов и Михаил Васильев. В это же время строились каменные прямоугольные стены, окружающие деревянные хоромы Государева двора. Храм Иоасафа стоял снаружи за стенами двора. Перестройки в Измайлове были запланированы потому, что царь Фёдор Алексеевич затеял строительство нового дворца на Пресне и перевёз туда часть зданий из Измайлова. однако масштабным планам юного царя не суждено было сбыться. Фёдор Алексеевич умер 27 апреля 1682 года в возрасте 22 лет. Власть перешла к регентше царевне Софье. Она обосновалась в Измайлове вместе со своим фаворитом князем Василием Васильевичем Голицыным, который был привержен новым веяниям в культуре и стремился к культурным связям с Украиной, Белоруссией и Польшей. По его предложению было решено перестроить придворную церковь в Измайлове. Работы начались в 1687 г., была снесена верхушка, нижняя часть с храмом Всех Святых осталась нетронутой. Новый храм был возведен артелью подрядчика Нижегородского уезда Белгородской волости Терентия Макарова.
Нижний храм с четырёхъярусной колокольней были построены в традициях русской архитектуры XVII в., своеобразие первому ярусу придавала открытая арочная галерея, обхватывавшая храм с трёх сторон и имевшая наверху гульбище. Верхняя церковь была совсем иных форм. Это был один из первых ярусных храмов типа восьмерик на четверике. С восточной и западной сторон к главному объёму были присоединены небольшие кубические алтарь и трапезная, завершённые маленькими главками. Всё здание храма было очень гармонично по объёмам и плавно поднималось вверх. Эта архитектурная композиция была взята русскими зодчими с Украины и Польши, но несколько переработана на русский манер.
Ко времени окончания работ по постройке храма к власти пришел молодой Петр I. Пётр в молодости также часто бывал в Измайлове, а позднее отдал его вдове своего брата царя Ивана — Прасковье Фёдоровне. Она постоянно жила в Измайлове вместе с дочерьми, собрала вокруг себя много приживалок, нищих и богомольцев, которые постоянно молились за помин души царя Ивана. Любила Измайлово и дочь Прасковьи Фёдоровны, будущая царица Анна Ивановна. Последней из русских государей, кто бывал в Измайлове, была Елизавета Петровна.
В XVIII в. село постепенно приходит в упадок. Комиссия, осматривавшая его строения ещё в 1737 г., отмечала, что в церкви Иоасафа служба не ведётся из-за множества протечек в крыше. В 1765 г. царский измайловский дворец за ветхостью был разобран, остались только каменные постройки. В верхний храм Иоасафа царевича 2 мая 1780 г. попала молния, и после пожара там пришлось делать весь новый интерьер. В Отечественную войну Измайлово сильно пострадало от отрядов французов, обследовавших окрестности Москвы в поисках провианта. Восстановление села заняло несколько лет, но здания в царской усадьбе остались заброшенными. В 1828 году Покровский собор и церковь Иоасафа были закрыты.
В 1848 г. император Николай I передал здания Измайловской резиденции в Департамент военных поселений и поручил архитектору Карлу Тону провести работы по восстановлению зданий и приспособлению их под богадельню для ветеранов Отечественной войны. В 1849 г. по случаю приезда императорской семьи в Измайлово по проекту К. А. Тона в трапезной нижней церкви были устроены парадные покои. Тогда же церковь Всех Святых переосвятили во имя святой царицы Александры, небесной покровительницы жены Николая I. По проекту Тона были сделаны новые иконостасы как в нижнюю Александровскую церковь, так и в верхнюю. С 1883 по 1894 гг. на посту архитектора Измайловской богадельни был С. К. Родионов, крупный архитектор и реставратор. Он провёл ряд работ по поновлению храма Иоасафа.
Церковь упоминается в очерке Ивана Бунина, побывавшего в Измайлове в 1918 году:
...храм Иоасафа, нежно сиявший в небе среди голых деревьев позолотой, узорами, зеленью глав, — в небе, которое было особенно прекрасно от кое-где стоявших в нём синих и лазурных облаков…
После революции Измайловская богадельня была закрыта, инвалиды выселены, а помещения отдали под казармы инженерных частей Московского военного округа. Этим частям присвоили имя Н. Э. Баумана, поэтому территория бывшей усадьбы стала называться городком им. Баумана. В 1922 году в Измайлово прибыли представители комиссии «Старая Москва», которые констатировали ужасное состояние древних памятников. Из их отчёта видно, что в Иоасафовской церкви был сломан парапет, упала главка колокольни, в алтаре храма был сложен овёс, в нижнем храме сырость от почвенных вод, проступающих в подвал.
В 1925 году казармы были упразднены, а в опустевшие помещения вселили семьи рабочих. В церкви Иоасафа царевича был сделан «Красный уголок», а в нижнем храме устроили общежитие казарменного типа. В 1937 году церковь святого Иоасафа, царевича Индийского, признали ветхой и снесли. Груда кирпича, оставшегося от разрушенной церкви, лежала около Семейного корпуса всю войну, а после из них построили склад. В 1970-х гг. часть зданий на Измайловском острове была передана архитектурным реставрационным мастерским «Спецпроектреставрация». Сотрудники этих мастерских разработали проект восстановления церкви святого Иоасафа, но он так и не был не осуществлён.
Воссоздание церкви возможно и в наше время - место, на котором она находилась, не занято, а архитектура храма реконструирована А. Чиняковым (1952) по сохранившимся чертежам.