Cергей Алипин родился в г. Калязине Тверской области, в семье был вторым ребёнком. В 1985 году окончил 8 классов и поступил в Калязинское ПТУ, одновременно учился в вечерней школе.
Получил аттестат о среднем образовании и специальность слесаря, работал на Калязинском механическом заводе »Знамя труда» по специальности. От райвоенкомата закончил курсы шофёров в г. Кимры.
В армию был призван в 1989 году, демобилизовавшись, поступил в 1991 году в военное училище в Белоруссии, но в связи с отделением республик был переведён в Новосибирское высшее военное училище.
После его окончания был направлен для прохождения службы младшим лейтенантом в в/ч 55433 (24-я обрСпН) г. Улан-Удэ, затем переведён в г. Гусиноозёрск на должность командира взвода. Оттуда и был направлен в Чечню, чтобы впоследствии перевестись в спецназ ГРУ. Через две недели после приезда в Чечню, 27 сентября 2000 г. подорвался на растяжке минного поля.
Капитан Сергей Алипин, лейтенант Сергей Бутт, срочники Никонов и Дзгоев подорвались на мине 27 сентября 2000 года в 17 часов 52 минуты в 3 километрах юго-восточнее Бамута в Ачхой-Мартановском районе Чечни. Разведчики проводили рекогносцировку, выбирали позиции для засад. Противопехотную мину ОЗМ-72 боевики установили хитро.
Леска, привязанная к боевой чеке, была не натянута, а пущена по траве внаброс. Такую растяжку заметить сложнее. Если солдат волочит ноги, он обязательно намотает ее на ботинок. Лейтенант Бутт шел первым, за ним шли Дзгоев и Алипин. Кто-то из них и зацепил растяжку. Мина выпрыгнула из-под земли и выкосила все живое в радиусе 25 метров. Алипин, Бутт и Дзгоев погибли сразу.
Последним в головной подгруппе шел девятнадцатилетний сержант-срочник Андрей Никонов. Осколками ему развалило ноги, а два самых крупных осколка пробили ствольную коробку автомата, вырвав его из рук Никонова, и навылет прошли через грудь. Никонов находился в сознании, когда подоспевшие товарищи оказывали ему первую помощь.
Он, конечно, понимал, что случилось. Шел сзади, все видел, рядом лежали тела товарищей. Андрея прокалывали промедолом, а он пошарил руками вокруг себя и сказал:
— Кажется, я потерял автомат.
Он умер в вертолете по пути в госпиталь. У Никонова был шанс, но вертушку тряхнуло, и солдат умер.
Награждён орденом Мужества. Похоронен в д. Носатово Калязинского района.
11 марта 2010 года профессиональном училище ПУ-49 г. Калязина открыли мемориальную доску в память о капитане Сергее Алипине.