В документальных коллекциях ГМИР, посвященных истории культуры и религии Узбекистана, можно выделить несколько частей: рукописные документы, почтовые открытки начала XX в. с видами Коканда, Самарканда, Бухары и Ташкента, фотографии. Небольшая коллекция рукописных документов пока мало изучена. Она не дает полного представления о духовной культуре региона, но содержит интересные сведения, позволяющие расширить наши знания о ней.
К этой части коллекции относятся различные по характеру «официальные» документы на фарси: вакфнаме 1895 г., написанный и наклеенный на полотно, о передаче в вакф шиитской мечети в Ташкенте, согласно которому большая часть доходов вакфа шла в пользу попечителей+; запросы в канцелярию муфтия о правах наследников и опекунстве. Также купчие на персидском языке, в которых подробно описываются границы расположения продаваемых участков (на западе, юге, востоке и севере) и их стоимость.
Наиболее значительную часть документальной коллекции по истории и культуре Узбекистана ГМИР составляют свыше 360 фотографий. Среди них – более 70 отпечатков 1890 – 1900-х гг. известного российского фотографа и путешественника из Тифлиса Дмитрия Ивановича Ермакова. Снимков, относящихся к Средней Азии, у него относительно немного. В каталогах Д. И. Ермакова, изданных в 1896 и 1901 гг., содержатся около 140 фотографий, сделанных в основном в Бухаре и Самарканде. В Музее хранится около трети этих снимков – 45 – 50 отпечатков (вероятно, сделанных во второй половине 1890-х гг.). Еще около двадцати пяти узбекистанских фотографий Д. И. Ермакова из собрания ГМИР не отмечены в каталогах 1896 и 1901 гг.
В собрание ГМИР входят около 20 снимков 1900-х гг. известного этнографа и фотографа Самуила Мартыновича Дудина. Образы местных жителей, запечатленных на снимках Дудина, сочетают в себе естественность и художественную выразительность.
В коллекцию ГМИР входят несколько фотографий эмира Бухары Сеида Мир-Алим-хана: его выезд из дворца, посещение Крыма, участие в церемонии закладки Соборной мечети в Санкт-Петербурге в феврале 1910 г. В коллекции есть фотографии некоторых документов, составленных бухарским эмиром, самаркандским кадием, а также Временным правительством Коканда. С последним документом, вероятно, связана интересная историческая фотография – «Митинг в Коканде 13 декабря 1917 г. в связи с провозглашением автономного правительства». В коллекции ГМИР имеется снимок неизвестного автора под названием «Встреча генерал-губернатора Туркестанского края Куропаткина на Самаркандском вокзале с чиновниками и духовенством». На нем запечатлены представители высшего духовенства Самарканда и Бухары – мусульманского, православного, армянского и еврейского. Около 10 фотографий, представляющих архитектурные памятники, не имеют точной даты. Среди памятников – мавзолей Шейхантаура в Ташкенте, мавзолей Саманидов в Бухаре (а также несколько снимков макета этого сооружения), мавзолей Гур-и-Амир в Самарканде.
Узбекистан 1920 – 1930-х гг. представлен в коллекции ГМИР более чем 70 фотографиями. Несколько отпечатков, датированных 1930 – 31 гг., были сделаны фотографами советских агентств, запечатлевшими уличную жизнь. На фотографии 1935 г. показана сцена моления на кладбище в Самарканде. На другой фотографии мы видим своеобразный ритуал: женщина, желающая ребенка, пролезает под огромным каменным лаухом (подставка под Коран) во дворе мечети Биби-Ханым.
Архитектурное наследие Самарканда широко представлено на снимках 1920 – 1930-х гг. На нескольких из них имеются надписи с упоминанием имен В. Л. Вяткина и М. Е. Массона – выдающихся археологов и востоковедов, жизнь которых была тесно связана с Узбекистаном.
Общественная жизнь Узбекистана 1920 – 1930-х гг. в коллекции Музея представлена почти двадцатью фотографиями. Особый акцент на них делался на показе общественных мероприятий: демонстрации пионеров, праздновании Международного женского дня, занятии кружка по ликвидации неграмотности, заключении брака в загсе, спектакле в театре
Около 10 – 15 снимков коллекции можно отнести к теме «Узбекистан 1960 – 80-х гг.»: свадьбы, праздники, фестивали и концерты. Фотографии были переданы редакцией журнала «Наука и религия», а также информационным агентством ТАСС и агентством печати «Новости» (АПН).
Последним поступлением фотографий из Узбекистана в фонд Музея стали семь отпечатков Наби Утарбекова. Снимки были сделаны на четвертом (последнем) курултае мусульман Средней Азии и Казахстана в Ташкенте в 1989 г.: избрание Мухаммада Садыка Мухаммада Юсуфа новым председателем САДУМ и передача верующим Корана Османа, хранившегося ранее в Музее народов Узбекистана.