Сценарист Дэрин Морган почерпнул вдохновение для двенадцатого эпизода с обложки научного журнала, на которой было изображено насекомое-робот вместе со своим создателем Родни Бруксом. Специалист сериала по работе с животными Дебби Коув использовала для съёмок около трёхсот тараканов - на съёмках умер лишь один - от старости. У Кима Мэннерса были проблемы с режиссурой этого эпизода, потому что тараканы были тараканами и бегали повсюду. Во время съемок сцен в туалете Ким Мэннерс пришел в ярость и шутя просунул голову в ведро, в котором держали тараканов и указал им, что делать. Когда он снова отправился снимать эту сцену, тараканы сделали именно то, что он сказал – он остался доволен их "актёрской игрой". Также для съемок изготовили несколько натурально выглядевших тараканов, а кучки навоза были ненастоящими. Доктор Бэмби Беренбаум названа в честь известного доктора - энтомолога Мэй Беренбаум из Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне , которая также держала живых насекомых в своем столе.
Название тринадцатого эпизода «Сизигия» означает астрономическое явление, при котором три и более астрономических тела выравниваются при их движении по своим орбитам вдоль прямой линии. Существует параллель между этим эпизодом и событиями, которые произошли в знаменитом городе Сейлем, штат Массачусетс - расправы над «ведьмами», учинённые местными жителями в 1692—1693 годах. Там дети начали обвинять некоторых жителей городка в колдовстве. Талисманом школы в эпизоде является двурогий козел, который часто используется в сатанинских ритуалах. Агент Малдер смотрит по телевизору отрывок из «Кейстоун Копс», но изначально планировалось, что агент будет смотреть отрывок из фильма «Заводной апельсин», но права на этот фильм оказались очень дорогими. Шутка Малдера на тему «маленьких ножек» Скалли- это дословный ответ Криса Картера на этот же вопрос, который ему задали на одной из конференций с поклонниками сериала. Это первый эпизод, в котором агент Скалли курит.
Название пятнадцатого эпизода и французский спасательный корабль названы в честь дочери Джиллиан Андерсон - Пайпер Мару Андерсон, которая родилась во время второго сезона. Имя Мару означает "корабль" по-японски и "цветок" в полинезийском языке. Съёмки сцены на дне океана осуществлялись в баке для воды размерами примерно 7*4*4 метра, в котором находилась копия фюзеляжа самолета «P-51 Mustang». Водолазный костюм был предоставлен судоподъёмной компанией, которая также предоставила судно для съёмок некоторых сцен. Дэвиду Готье, кстати он сертифицированный дайвер и его ассистентам пришлось экспериментировать с техническими жидкостями, прежде чем создать «правильную» смесь нефти и ацетона для "черного масла". Техник по спецэффектам Мэтт Бек наложил изображение жидкости на видеоряд, закруглив его по форме глаз актёров. Исполнитель роли пилота в кабине бомбардировщика на дне океана Роберт Майер отвечал за стройку декораций и эту эпизодическую роль назвал «свершившейся давней мечтой». Пока снималась сцена, актёр был вынужден два часа находиться под водой и дышать через регулятор. Майкл Бубле, задолго до того, как стать певцом, был статистом в этом эпизоде - играл одного из помощников по кораблю. За этот эпизод Джиллиан Андерсон получила свою первую номинацию на премию "Эмми" за лучшую женскую роль.
В шестнадцатом эпизоде для сцены, где "чёрное масло" покидает тело Алекса Крайчека на актера Николаса Ли была одета маска с трубками, через которые подводилась жидкость - она мешала ему видеть и дышать надо было через соломинку. Такая же технология применялась для начальной сцены, где масло покидает тело капитана подлодки, но там использовался муляж головы актёра. Движение "чёрного масла" изначально было создано при помощи магнетизированной жидкости, направление которой задавалось протягиванием магнитов – для этого пришлось в помещении киностудии построить частичный интерьер подлодки и направлять жидкость путём раскачивания всей конструкции. Компьютерная графика использовалась для создания эффекта пробегающего в глазах "чёрного масла". Макет инопланетного космического корабля был построен, но шахта была увеличена при помощи компьютерной графики. Дверь, за которой Крайчек оказался в ловушке помечена 1013 - дата рождения Криса Картера. У актера Брюса Харвуда, который играет роль Джона Байерса, не возникло проблем со сценой, в которой «Одинокие стрелки» посещают каток - он занимался фигурным катанием в юности.
Писатель Винс Гиллиган разработал сценарий для семнадцатого эпизода из идеи для своего фильма, который он придумал - историю о человеке, который обладал способностью подчинять людей своей воле. Гиллиган назвал этого человека "толкачом", потому что персонаж был способен толкать людей на причинение вреда самим себе. Съемочная группа столкнулась с трудностями при подборе актера для этого эпизода, поскольку они не могли найти никого, кто бы им понравился на эту роль. Гиллиган предлагал Харви Файерстина, а Крис Картер рассматривал Лэнса Хенриксена. Но как бывает в "Секретных материалах", актер Роберт Уизден пришел на прослушивание, когда было уже почти слишком поздно, произвел впечатление на съемочную группу и получил роль Толкача. Телевизионная сеть «Fox» хотела запретить финальную сцену с русской рулеткой, но позднее все таки разрешила. Актер Митч Пиледжи был не в восторге от сцены, в которой хрупкая Холли нападает на его персонажа Скиннера и избивает.
Восемнадцатый эпизод невзлюбили актеры и съемочная группа, особенно режиссер Ким Мэннерс. Сценарий этого эпизода переписывался много раз и каждый раз цвет сценария менялся – он прошел через столько переписок, что актерский состав в итоге получил две копии сценария цвета лосося. «Teso Dos Bichos» - реально существующее место раскопок, находится на острове Маражо, в устье реки Амазонки. На русский язык «Teso dos Bichos» можно перевести как «Могильный холм мелких животных». Яхе или Аяуаска - это настоящий галлюциногенный препарат, традиционно используемый южноамериканскими индейцами. В их видения часто фигурируют животные, причем часто встречаются крупные кошки. Джиллиан Андерсон очень аллергична на кошек, поэтому художнику по гриму Тоби Линдале пришлось создать куклу-кошку с кроличьим мехом, которая нападает на агента Скалли. Прототипом доктора Льютона стал Вэл Льютон - американский кинопродюсер, писатель и сценарист, известный своими низкобюджетными фильмами ужасов в 1940-х годах – «Люди –кошки», «Человек –леопард». Льютон страдал айлурофобией - навязчивой боязнью кошек.
Девятнадцатый эпизод Крис Картер придумал сделать о финансовой пирамиде с человеческими органами вместо денег. Несмотря на то, что игра в этом эпизоде была полностью вымышленной, многие люди думали, что игра была реальной. Натурные съёмки были в китайском квартале Ванкувера, а декорации изображавшие крематорий, были построены в студии. Для сцены, в которой лягушка выползает из живота одной из жертв на актёра был наложен искусственный торс. Для крупного плана торс был помещён на стол для вскрытия, в котором было проделано отверстие. Через данное отверстие специалист по работе с животным проталкивал лягушку в разрез в торсе. Адские банкноты фигурируют и в игре «X-Files», как и китайские плитки, которые использовались в качестве лотереи. Дэвид Духовны и Люси Лью встречались во время съемок этого эпизода.
Двадцатый эпизод был последним из четырех, которые были написаны Дарином Морганом - для него он изучил сообщения, сделанные людьми, которых якобы похищали инопланетяне. У него появилось много идей, включая идею о том, что Крисси Джорджио была найдена в одежде наизнанку и задом наперед. Кафе «Ovaltine» - одно из старейших кафе Ванкувера - было выбрано в качестве закусочной, где агент Малдер беседует с лейтенантом Джеком Шефером и ест кусок за куском пироги. Тетрадь, в которой Хосе Чанг якобы пишет, на самом деле была книгой каракулей и актер Чарльз Нельсон Рейли никогда не писал в ней. Точно так же рукопись книги Хосе Чанга "Из космоса" была копией сценария эпизода. Звездное небо в первом кадре было полностью фальшивым. Оба НЛО, которые появляются были созданы на компьютере. Когда съемочная группа собиралась снимать Уильяма Лакинга, который играл роль Рокки Крикенсона в ковше в начале эпизода, актер вошел в него и сломал , так что съемочная группа, уже потратив три часа на подготовку, должна была остановиться, чтобы склеить чрезвычайно сложную нижнюю сторону ковша вместе. На съемках хотели, чтобы Лорд Кинбот выглядел как продукт анимации стоп-моушен, но у съемочной группы не было времени, чтобы сделать настоящую куклу стоп-моушен, поэтому они решили использовать костюмированного исполнителя - координатора трюков Тони Морелли. Чтобы инопланетянин казался выше, костюм включал ходули, которые были около 45 см высотой и были похожи на действительно высокие ботинки, так что костюм был около 2,3 метра высотой. Внутри костюма Морелли ходил на цыпочках. Маска имела дистанционно управляемые глаза и веки, которые двигались. Морелли провел больше десяти часов в костюме, где было жарко, неудобно и трудно дышать.
В двадцать втором эпизоде окончательно на съемках появляется собака Джиллиан Андерсон – Квиквег. Натурные съёмки велись возле трёх озёр, находящихся в Британской Колумбии. Возле озера Бунцен, в окрестностях озера Питт и на озере Райс, являющимся частью Сеймурского заповедника. Искусственный каменный островок, на самом деле сделанный из дерева оторвался от креплений по мере заполнения водой резервуара, в котором он находился. Группе плотников пришлось трудиться всю ночь, чтобы закрепить декорацию. Для съёмок финальной сцены хотели протащить резиновое чучело Биг-Блу лодочным буксиром, но это смотрелось не натурально, поэтому озерный монстр был создан при помощи компьютерной графики.