В русском языке слова имеют род, касается это и имён. Женские имена, как и заведено для слов женского рода, кончаются обычно на -а (-я), мужские - как-то иначе.
Но при этом практически у всех мужских имён есть форма, кончающаяся на -а (или -я). Иногда это приводит к полному неразличению родов, как в случае с именами Женя и Саша, которые могут быть и мужскими и женскими.
Но и другие уменьшительные мужские имена ничем, в сущности, не «лучше»: Алёша, Вася, Коля, Паша, Толя и так далее. Имя Никита и в полной форме выглядит как женское, что отчасти объясняет его «неправильное» использование иностранцами (вспомните одноимённый клип на песню Элтона Джона и фильм Люка Бессона).
Даже имена, которые от уменьшительности только растут, и то имеют более-менее женственные формы: Антошка, Игорёша, Андрюшенька.
Может быть, так получилось потому, что эти ласкательные имена первоначально использовались для обращения к младенцам, а у малышей пол-род - понятие довольно условное, так что и имена все однотипные, но, желательно, с ноткой мягкости, певучести, которую и добавляют лишние гласные звуки.
