Для создания первого эпизода Крис Картер присутствовал на песнопениях и ритуалах народа Навахо, чтобы обеспечить точность событий в этом эпизоде. Название этого эпизода относится к церемонии благословения пути Навахо. Для съемок был приглашен художник-песочник, чтобы создать две картины из песка для последовательности благословляющего пути – на их создание ушел целый день. В этом эпизоде Марк Сноу слегка изменил мелодию фортепьяно из вступительной музыки. Этот эпизод был посвящен Ларри Уэллсу – художнику по костюмам, в конце эпизода была памятная надпись – «In Memoriam, Larry Wells, 1946-1995»
Во втором эпизоде в начале голос за кадром был взят из историй, которыми шаманы племени Навахо поделились с Крисом Картером. На идею о том, что «Белый буйвол» является предвестником перемен повлиял Картер, прочитав о верованиях коренных американцев, что рождение белого буйвола было предзнаменованием. Сцена, в которой Алекс Крайчек бежит от машины с бомбой, была затруднена из-за проблем с пиротехникой. Актер Николас Ли неоднократно репетировал сцену, но обнаружилось, что пиротехника не работает - это заставило его нервничать во время съемок сцены, Но все получилось - он отбежал примерно на двенадцать метров от фальшивой детонации, прежде чем ударное давление взрыва почти толкнуло его на землю.
В третьем эпизоде большая работа была проделана по созданию специального светофора и рекламного щита для сцены, где Дарин Питер Освальд устраивает аварии. А специалист по спецэффектам Дэвидом Готье построил уникальный агрегат для сцен с молниями. Аппарат находился в выкопанной яме и через систему зеркал и генераторов создавал эффект разряда молнии. Мощность агрегата достигала 2,9 миллиона кандел, а производимой энергии было достаточно, чтобы поджечь траву, поэтому для безопасности актера Джованни Рибизи, который играл роль Дарина Питера Освальда, ему приходилось стоять на приподнятой платформе, скрытой при помощи нужных ракурсов. Актёры, которых поражала молния, надевали специальные огнеупорные подкладки. А коровы, которых Освальд убивал молниями на пастбище должны были быть искусственными из-за проблем с получением разрешения на использование настоящих трупов. Но искусственные выглядели неестественно и пришлось просить для съемок труп настоящей коровы на скотобойне. Фермерский дом - место жительства Освальда находился в Албионе, Британская Колумбия. Для режиссёра Кима Мэннэрса работа над эпизодом была омрачена личной трагедией - в это время погиб его лучший друг. Актриса, сыгравшая Шэрон Кивит - Карен Виттер - бывшая модель «Playboy». В этом эпизоде прозвучала песня «Hey Man, Nice Shot» группы «Filter» участником которой является Ричард Патрик, младший брат Роберта Патрика.
Четвертый эпизод был вторым из четырех, написанных Дарином Морганом. Его задача была сделать его мрачным. На экстрасенсорные способности Клайда Бракмана повлияло то, что Морган просматривал фотографии с места преступления, которые были включены в исследовательскую книгу его брата Глена. Дарин Морган вспоминал: «Я смотрел фотографии с места преступления и просто подумал, что если бы человек был экстрасенсом, то он смог бы увидеть, как человек умрет, точно так же, как эти фотографии. И я просто подумал, что если бы кто-то мог это сделать, он бы сошел с ума». Образ Клайда Бракмана Морган списал со своего подверженного депрессиям отца. Для сцены сна Бракмана специалисты по спецэффектам Мэтт Бек и Тоби Линдала создали куклу со скелетом из медной проволоки. Конструкция была покрыта желатиновой кожей, которая таяла по мере того, как проволоку нагревали, создавая эффект разлагающегося тела. Последовательность кадров в сцене состояла из восьми сегментов, включавших изображения как самого актера Питера Бойла, игравшего роль Клайда Бракмана, так и куклы и компьютерных спецэффектов. Из-за проблем со здоровьем у Питера Бойла возникли проблемы с съемками сцены сна - актер сказал, что это «худший день в его жизни». Во время съемок Джиллиан Андерсон смеялась всякий раз, когда съемочная группа пыталась снять сцену, в которой Изумительный Яппи внимательно осматривает агента Скалли, пытаясь найти источник какой-то неприятной «негативной энергии». Любимая собака Андерсон - шпиц Квиквег впервые появляется в этом эпизоде.
В пятом эпизоде автором сценария и режиссером выступил Крис Картер. Он дал вымышленному палачу Перри Саймону имя высокопоставленного продюсера с телеканала «NBC», которого знал лично. Для съёмок потребовалась декорация отсека с камерами смертников, которую пришлось строить – на это ушло 10 дней. Строительство привело к перерасходу бюджета, но впоследствии декорация использовалась для съёмок еще нескольких серий «Секретных материалов». А в будущем многие кинопроекты арендовали конструкцию для своих целей. Во многих сценах использовались настоящие личинки. Джиллиан Андерсон назвала их «самыми сложными животными, с которыми ей приходилось работать». В связи с рядом трудностей, художники не смогли изготовить «труп» первой жертвы. В результате на актёра, лежавшего на патологоанатомическом столе насыпали большое количество живых личинок. Но в других сценах личинок часто заменяли на рисовые зерна.
Шестой эпизод почти весь снимался на Квебек-Стрит в Ванкувере. Интерьерные съёмки проходили в двух соседних зданиях. Съемки стали дебютом дублёра Дэвида Духовны – Стива Кизьяка, которого менеджер сериала по локациям Луиза Граднитцер случайно заметила на улице, перепутав с актёром Дэвидом Духовны из-за их внешнего сходства. Кизьяк дублировал Духовны до конца 9-го сезона, а в эпизоде «Бойцовский клуб» сыграл двойника агента Малдера. Дебют Стива Кизьяка сопровождался курьёзным случаем: в сцене, где Малдер выбивает дверь, снимался Кизьяк и вместе с дублершей Джиллиан Андерсон они по ошибке выбили дверь в чью-то квартиру, где в это время проходила вечеринка.
Название восьмого эпизода «Oubliette» происходит от французского oublier - «забывать» . В средневековье так называли темницу, в которую помещали заключенных, а затем забывали о них. Похищение и последующие пытки Эми Джейкобс были сильно преуменьшены в эпизоде, потому что Эми по сценарию было пятнадцать лет – хотя актрисе Джуэл Стэйт на момент съемок было всего тринадцать. Из-за сильных дождей финал эпизода пришлось снимать на неделю позже, чем планировалось и в другом месте, чем первоначально предполагалось.
Название девятого эпизода «Нисэй» - это сын, родившийся за пределами Японии у родителей-эмигрантов. В своем первоначальном значении термин применяется только к детям мужского пола, родившимся в Северной или Южной Америке у родителей, покинувших Японию до Второй мировой войны. Несколько локаций из эпизода есть в видеоигре «X-Files» - вагон поезда, в котором агент Малдер попадает в ловушку, а также лодка, которую он исследует в начале эпизода - их можно исследовать и в игре. Фотографии спасательного корабля на самом деле являются отредактированными фотографиями времен Второй мировой войны немецкого линкора "Бисмарк" и тяжелого крейсера "Принц Ойген".
Название десятого эпизода «731» - это реальное подразделение японской армии во время Второй мировой войны, которое проводило садистские медицинские эксперименты над военнопленными и китайскими гражданскими лицами. Прототипом доктора Сиро Зама стал настоящий командир отряда «731» - доктор Сиро Исии. В начале эпизода агент Малдер забирается внутрь движущегося поезда, спустившись с крыши вагона - Дэвид Духовны отказался от дублёра в этой сцене и сделал все сам. Интерьеры вагонов стояли на надувных камерах, чтобы создать иллюзию движения. Для съёмок этих сцен Роб Боумен использовал Стедикам (прим. носимая система стабилизации съёмочной камеры для кино- или видеосъёмки в движении) и намеренно избегал расположения персонажей в центре экрана, чтобы создать ощущение параноидальности происходящего. Для эффектного взрыва вагона потребовалось 200 литров бензина и 120 пороховых бомб. Сам вагон был приобретён у местной железнодорожной компании и являлся списанным из-за погнутой стенки. Съёмка взрыва синхронно велась с семи камер. В сцене с братской могилой прокажённых участвовало 25 актёров, в основном детей, которые лежали в масках на куче искусственных тел. Во время съемок были уничтожены две видеокамеры.
Вдохновением для одиннадцатого эпизода о стигматах стал Пио из Пьетрельчины (прим. священник и монах итальянского происхождения из ордена капуцинов, прославлен как католический святой и знаменит стигматами и чудесами). Сценарий несколько раз подвергался переработке, даже после запуска в производство. Дополнительные изменения в сценарий были внесены уже при монтаже. Для этого актеру Кевину Зегерсу, который играл роль Кевина Крайдера пришлось снова лететь в Ванкувер на пересъёмку. Зато актер Майкл Берриман, воплотивший образ Оуэна Джарвиса назвал эту роль «своей самой любимой за карьеру». Обычно приглашаемый на роли злодеев из-за своей необычной внешности Майкл Берриман был рад сыграть положительного героя.
