Как и большинство имперских организаций Инквизиция обширна и обхватывает галактику бессчетным количеством агентов, но на этом сходство заканчивается так как внутреннее устройство ее отлично от бюрократического устройства Адептус Терра. Цели ее открыты - защищать императора и человечества любыми доступными средствами. Спектр угроз варьируется от одного мутанта до тайных заговоров и вторжения пришельцев.
Инквизиция разделена на несколько Ордосов. Каждый Ордус занимается какой-либо отдельной угрозой империума и именно в противостоянии этой конкретной угрозе наиболее полно раскрываются таланты инквизиторов каждого Ордоса.
Ордо Маллеус занимаются предотвращением прорывов демонов в материум, так же имеют отдельную военную палата Серые Рыцари.
Ордо Ксенос занимается устранением угрозы со стороны ксеносов, пресечением контрабанды или иного не санкционированного ввоза в империю ксено артефактов. Так же имеют военную палату Караул Смерти
Ордо Еретикус занимаются отловом и уничтожением еретиков , псайкеров и мутантов. Так же имеют военную палату Сестры Битвы.
Ордо Милитарум занимается мониторингом военных институтов Империума, включая имперскую гвардию,имперский флот,ордена космодесантников,комиссариат. В задачи ордена входит предотвращение коррупции среди армейских чинов, отслеживания того чтобы комиссариат выполнял свои обязанности,а так же расследование обстоятельств сомнительных действий различных военных подразделений.
После войн Заступничества для более серьезного контроля за Официо Ассасинорум инквизитор Ягер сформировал новый орден инквизиции. Этот орден получил название Ордо Сикариус и по требованию инквизиции Официо Ассасинорум согласилось на следующие условия: храмы убийц должны располагаться в разных местах, в том случаи если один из храмов падет под влиянием ксеносов,демонов или ереси,другие храмы останутся не тронуты, любое убийство должно быть одобрено 2/3 членов совета Верховных Лордов путем голосования, каждое убийство должно сопровождаться детальным отчетом. Все убийцы подвергаются регулярным психической доктринации.
Ордо Културом занимаются вопросами болезней,пандемий,чумных зомбий Нургла.
Ордо Абсулетус является исследование различных феноменов и определение являются ли они угрозой для империи.
Ордо Хронос считается что ордо образован в последствии изучения варп путешествий.