В ходе освобождения Красной Армией Литвы у военной контрразведки СМЕРШ было много задач.
Оперативная обстановка для СМЕРШ в Литве была сложная: литовские партизаны – «лесные братья», польская Армия Крайова, различные подпольные организации, агентура германских Абвера и СД.
В Литве действовало УКР СМЕРШ 3-го Белорусского фронта (начальник УКР генерал-лейтенант Павел Васильевич Зеленин).
С «лесными братьями» и Армией Крайовой имели дело в первую очередь органы и войска НКГБ и НКВД СССР.
Например, после освобождения Вильнюса в июле 1944 г. войска НКВД СССР разоружили 7.924 польских солдат и офицеров Армии Крайовой, сотрудники СМЕРШ тоже принимали участие в этой операции.
С литовскими «лесными братьями» и польской Армией Крайовой сражались войска НКВД СССР. 28 декабря 1944 г. был ликвидирован в районе города Каунас командующий Литовской освободительной армии Казис Веверкис. К 5 января 1945 г. в ходе войсковых операций органы и войска НКВД СССР уничтожили 2.574 литовских и польских боевиков, 12.449 были взяты в плен, из них 3.979 польских бойцов Армии Крайовой.
К февралю 1945 г. число убитых литовских и польских боевиков возросло до 4.045 человек, потери войск НКВД СССР – 151 убитых солдат и офицеров. В апреле 1945 года были задержаны другие руководители Литовской освободительной армии – А. Эйдимтас, А. Кубилюс, Л. Дабраускас, Миндаугас Блознелис.
СМЕРШ противодействовал Абверу и СД, а также боролся с литовскими подпольными организациями, которые сотрудничали с германскими спецслужбами.
Например, с 14 по 20 июля 1944 г. УКР СМЕРШ 3-го Белорусского фронта совместно с органами НКГБ и НКВД СССР, арестовали 51 агента Абвера и СД.
Также УКР СМЕРШ 3-го Белорусского фронта 30 августа 1944 года было арестовано 159 активных участников и руководителей литовской подпольной военизированной организации «Шаулист».
