Считается, что христианство в Сибири и на Дальнем Востоке впервые появилось в XVI - XVII веке, вместе с русскими землепроходцами, но это не совсем так. В XVI - XVII веках русские землепроходцы просто завершили абсолютно естественный процесс закрепления христианства на сибирских и дальневосточных землях, на которых оно уже имело бурную, сложную, а порой даже трагическую историю.
Как христианство оказалось на земле уйгуров? Ответ на этот вопрос очень прост, ведь древние государства Евразии никогда не жили замкнуто, будучи тесно связаны друг с другом такими важными торговыми магистралями, как Великий Шелковый и Великий Железный пути, по которым шли не только товары, но и проповедники новой веры, а также те, кто спасался от преследований на религиозной почве в Римской империи и Сасанидском Иране. В Средней Азии, на исконных землях тюрок, христианство быстро укоренилось, став одной из самых многочисленных конфессий, достаточно сказать, что именно в Киргизии, на Тянь-Шане, находился христианский монастырь, в котором обрели покой мощи святого апостола и евангелиста Матфея.
Ко времени образования Уйгурского каганата на его территории действовало множество христианских общин: иконопочитатели, иконоборцы, ариане, монофизиты, несториане... С появлением единого государства были созданы предпосылки для упорядочения жизни многочисленных христианских общин, в 751 году в Орду-Булаке была открыта митрополия, окормлявшая всех христиан Уйгурского каганата. За короткое время христианство стало одной из самых распространенных конфессий в Центральной Азии, но в конце VIII века пришла беда.
В середине VIII века на территории Уйгурского каганата начали свою деятельность манихейские проповедники, пришедшие сюда из Китая и с лёгкостью завоевавшие расположение уйгурской знати (христианство было преимущественно религией бедняков). Очередной каган Кутлуг II мало того, что объявил манихейство государственной религией Уйгурского каганата, он еще, следуя манихейской доктрине о вечной борьбе добра со злом, решил искоренить все другие религии (под раздачу тогда попали не только христиане, но и тенгрианцы, и шаманисты, и буддисты). По преданию, перед мучительной смертью последний христианский митрополит Орду-Булака предсказал и Уйгурскому каганату, и манихейство скорую гибель, после которой не должно было остаться даже ничтожного следа их на земле.
К счастью, не всех уйгурских христиан постигла участь христиан Орду-Булака. Верховному совету каганата удалось уговорить кагана прекратить религиозные гонения, а уцелевших иноверцев (в том числе и христиан) сослать в город Байбулак на Селенге, куда отправлялись все те, кто доставил неудовольствие кагану. В Байбулаке уйгурские христиане жили до 840 года, когда Уйгурский каганат пал, а они сами добрались до монгольских племен, два из которых - кереиты и найманы - благодаря им приняли христианство. А малая часть христиан, не дожидаясь расправы, бежала на север, через Алтайские горы в Минусинскую котловину, к енисейским кыргызам, часть из которых исповедовала христианство и которым менее, чем через 50 лет, было суждено нанести смертельный удар и Уйгурскому каганату, и манихейству.