Щеглов Афанасий Фёдорович родился в семье крестьянина 15 января 1912 года в селе Михали Бельского уезда Тверской губернии, ныне в составе Оленинского района Тверской области . В 1917 году семья переехала на станцию Чертолино. Окончил среднюю школу в Ржеве.
Окончил артиллерийское отделение Объединенной военной школы ВЦИК в Москве (1933), Военную академию РККА имени М . В . Фрунзе (1939), Высшую военную академию им. К. Е. Ворошилова (1948).
В сентябре 1929 г. А. Ф. Щеглов добровольно вступил в РККА и был направлен на учебу в Объединенную военную школу им. ВЦИК, по ее окончании с июня 1933 г. проходил службу в 73-м артиллерийском полку 73-й стрелковой дивизии СибВО, командир взвода, помощник командира и командир батареи. С октября 1935 г. слушатель военно-ветеринарного факультета Московского ветеринарного института, затем с мая 1936 г. учился в Военной академии им. М. В. Фрунзе.
По ее окончании в мае 1939 г. назначен начальником штаба 290-го артиллерийского полка 104-й стрелковой дивизии, с июля — помощник начальника 1-го отделения 1-го отдела штаба 7-й армии ЛВО. В этой должности участвовал в советско-финляндской войне 1939- 1940 гг., за что был награжден орденом Красного Знамени. С августа 1940 г. старший помощник начальника оперативного отделения оперативного отдела штаба ЛВО.
В начале Великой Отечественной войны с 17 июля 1941 г. А. Ф. Щеглов старший помощник начальника оперативного отдела штаба Северного фронта. С августа 1941 г. командир 690-го артиллерийского полка ПТО 55-й армии Ленинградского фронта, с ноября — командир 2-го особого стрелкового полка лыжников 54-й армии этого фронта, с апреля 1942 г. — вновь командир 690-го артиллерийского полка ПТО 55-й армии. С июня 1942 г. заместитель начальника оперативного отдела штаба Ленинградского фронта, с сентября — и.д. командира 34-й отдельный лыжной бригады, с октября — вновь заместитель начальника оперативного отдела штаба Ленинградского фронта. С апреля 1943 г. А. Ф. Щеглов командир 63-й гв. стрелковой дивизии. Эта дивизия в составе 42-й, 21-й и 2-й ударной армий этого же фронта участвовала в оборонительных боях на подступах к Ленинграду, сражалась на волховско-любаньском направлении, принимала участие в Ленинградско-Новгородской наступательной операции, в разгроме противника на Карельском перешейке и освобождении Эстонии. За отличия в боях дивизия была награждена орденами Ленина, Красного Знамени, ей было присвоено почетное наименование «Красносельская», а А. Ф. Щеглову за умелое управление частями и проявленный при этом героизм присвоено звание Героя Советского Союза. С октября 1944 г. и до окончания войны А. Ф. Щеглов командир 30-го гвардейского стрелкового корпуса, который вел боевые действия в составе 8-й, затем 6-й гв. армий Ленинградского и 2-го Прибалтийского фронтов, Курляндской группы войск Ленинградского фронта. Соединения корпуса отличились в боях против группировки противника, блокированной на Курляндском полуострове, успешно действовали в Мемельской наступательной операции. Как отмечалось в боевой характеристике, «…генерал-майор Щеглов имеет большой боевой опыт руководства стрелковыми частями и соединениями в период Великой Отечественной войны, показал себя дисциплинированным, волевым, настойчивым и инициативным офицером ».
За умелое взаимодействие пехоты с приданными средствами усиления, и управление частями корпуса в сложных условиях наступательного боя А. Ф. Щеглов был награжден орденом Суворова 2-й степени.
После войны с ноября 1945 г. А. Ф. Щеглов находился в распоряжении Военного совета АВО, с марта 1946 г. на учебе в Высшей военной академии им. К. Е. Ворошилова. По ее окончании в апреле 1948 г. назначен командиром 4-го гв. стрелкового корпуса. С июня 1949 г. и.д. командующего войсками ПВО сначала Ленинградского, а с апреля 1951 г. Уральского районов. С апреля 1954 г. состоял в распоряжении ГУК, затем с июля — командующий войсками Киевской армии ПВО (с декабря — командующий Киевской армией ПВО, он же заместитель командующего войсками КВО по Войскам ПВО страны). С августа 1959 г. командующий войсками Бакинского округа ПВО, с июля 1966 г. — 1-й заместитель главнокомандующего и член Военного совета Войск ПВО страны.
С апреля 1974 г. представитель главнокомандующего ОВС государств — участников Варшавского договора в Войске Польском. С марта 1985 г. военный инспектор-советник Группы генеральных инспекторов МО СССР. С мая 1992 г. в отставке. Депутат Верховного Совета СССР 6-8-го созывов.
Награжден 4 орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции, 3 орденами Красного Знамени, орденами Суворова 2-й степени, Александра Невского, 2 орденами Отечественной войны 1-й степени, орденом Трудового Красного Знамени, 2 орденами Красной Звезды, орденом «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР» 3-й степени, медалями, а также иностранными орденами и медалями.
Жил в городе-герое Москве. Умер 28 января 1995 года. Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве (участок 11)