В тринадцатом эпизоде сцена, где агент Скалли представляет появление Дональда Эдди Фэстера в виде дьявола, была основана на реальных событиях, которые описал Крис Картер: «Я читал статьи о людях, находившихся под влиянием Джеффри Дамера (прим. американский серийный убийца, жертвами которого стали 17 человек), они утверждали, что Дамер менял своё обличье во время тех часов, что удерживал их в качестве заложников, что его образ действительно менялся». Картер «любым способом хотел продвинуть идею о том, что далеко не всё плохое в жизни происходит только по паранормальным причинам. Даже сосед может оказаться злодеем». Кастинг был очень сложным. Отсмотрели множество актёров. Когда на пробы пришел Ник Чинланд Картер решил, что «у него какая-то особая форма андрогинности (прим. демонстрация человеком единовременно женских и мужских особенностей), которая потрясает. Казалось, что он выглядит как студент-первокурсник, при этом пугает вас до смерти».
В четырнадцатом эпизоде высшая школа имени Кроули получила название в честь британского оккультиста и поклонника обрядов Алистера Кроули. Персонажи Дебора Браун и Пол Витарис названы в честь активных интернет - фанатов сериала, а название эпизода взято из молитвы, которую произносят члены учительского комитета в начале эпизода. Для съёмок падения дождя из лягушек продюсеры решили использовать настоящих земноводных, которых бросали с небольшого расстояния. Змея, спускающаяся по ступеням, доставила много трудностей съёмочной группе - животное некрасиво падало на пол после того, как соскальзывало со ступеней. Актёр Дэн Батлер боялся змей до такой степени, что во время съёмок сцены в подвале не мог говорить и его страх помог команде гримёров сэкономить на искусственном поте.
В пятнадцатом эпизоде по сценарию гаитянский лагерь беженцев должен был быть расположен посреди зимы на открытом воздухе. Вместо этого было принято решение поместить лагерь в заброшенное здание судоремонтного завода Северного Ванкувера. Для того чтобы привести здание в пристойный вид, строительные работы должны были выполнить до Рождества, в результате чего потребовалось нанимать круглосуточную охрану для объекта на период праздников. Съёмки на кладбище проводились в неиспользованной части кладбища Северного Ванкувера. Несколько могил был выкопаны заранее, но к началу съёмок они были полностью затоплены из-за очень дождливой погоды. Съёмочная группа была вынуждена использовать специальное дренажное оборудование и даже вычерпывать воду вручную. Для съёмок сцены, где из раны агента Скалли появляется человек, начинающий её душить, актёр-мужчина протаскивал свои покрытые желатином пальцы через бутафорскую руку.
Для съемок восемнадцатого эпизода самым сложным оказалось заполучить слона, так как на это действие потребовалось получить разрешение на перевозку животного через границу в Ванкувере. Слон по кличке «Пузырёк» отлично работал в кадре. Сначала продюсеры волновались, что слон не побежит навстречу грузовику, но животное с удовольствием принялось играть с машиной, да так, что они с трудом оторвали его от игры. Но пришлось столкнуться с проблемой законности нахождения циркового животного на общественной улице. В Британской Колумбии существует несколько законов, защищающих животных от злоупотреблений или эксплуатации, запрещая их «использование или появление», поэтому сцены с Пузырьком снимали на проселочной дороге в городе Суррей, где эти законы не действуют. Также в съемках принимал участие живой тигр.
Для девятнадцатого эпизода Крис Картер попросил Говарда Гордона написать сценарий – им был дан доступ на списанный эсминец Канадского военно-морского флота «Маккензи», который сыграл роль американского эсминца «Ардент». Чтобы создать впечатление брошенного судна, корабль пришлось перекрасить. Изначально «Маккензи» был пришвартован в Нью-Уэстминстере, но во избежание попадания в кадр огней города его пришлось отбуксировать в отдалённую местность, что обошлось продюсерам в сумму около 10 тысяч долларов. Вскоре после завершения съёмок всё оборудование с «Маккензи» было демонтировано, а сам он был затоплен и превращён в искусственный риф в проливе Джорджии. Съёмки интерьерных сцен на корабле также проходили на этом судне. Температура воздуха во время съемок неожиданно упала, создав дискомфортные условия. Узкие коридоры и низкие потолки сильно осложняли транспортировку и установку съёмочного оборудования. Гримировать Дэвида Духовны и Джиллиан Андерсон приходилось много часов, что сильно задерживало съёмочный процесс.
На создание двадцать второго эпизода вдохновил тот факт, что фармацевтические компании спонсируют научные экспедиции, ставящие целью поиск уникальных растений или животных, которых можно использовать в медицинских целях. «F.Emasculata» и «Пинк Фармасьютикалс» - имена вымышленные и прототипов в реальном мире не имеют. Для создания лопающихся гнойников специалист по спецэффектам Тоби Линдала сконструировал устройство, соединявшееся с искусственными нарывами при помощи скрытых проводов. Неудобство заключалось в том, что Тоби приходилось находиться очень близко к конструкции. В сцене в автобусе, Линдала по собственным воспоминаниям, был зажат под одним из сиденьев и актёры «буквально ходили» по его голове. В качестве локаций для съёмок сцены в лесу Коста - Рики был использован Сеймурский заповедник - разнообразная природа позволяла создать видимость тропического леса.
Сценарий к двадцать третьему эпизоду написал начинающий автор Винс Гиллиган –фанат «Секретных материалов». Гиллиган узнал, что его агент приходится родственником Картеру. Это помогло ему добиться встречи с Картером и поделиться идеей о тени, независимой от тела. Изначально тень Бэнтона задумывалась как независимая от тела ученого. Картер и Говард Гордон переписали этот момент, что позволило значительно сэкономить на анимации. В роли доктора Бэнтона снялся Тони Шалуб, который ранее не был знаком с «Секретными материалами». Во время съёмок его особо впечатлила работе на натуре в разных частях Ванкувера и его окрестностях. А Винс Гиллиган даже запечатлел съёмочный процесс своего первого эпизода «Секретных материалов» на личную видеокамеру.
Центральной идеей двадцать четвертого эпизода стал каннибализм на птицефабрике. Также роль в создании эпизода сыграла давно прочитанная сценаристом Фрэнком Спотницом статья, где говорилось о болезни саламандр, вызванной поеданием себе подобных. Некоторые персонажи были названы в честь реально существовавших каннибалов, а идея редкой неврологической болезни, которой заражаются некоторые персонажи, была навеяна куру — заболеванием, распространявшимся в Новой Гвинее через ритуальный каннибализм среди жителей племени форе. Кости выловленные из реки, были пластиковыми, а заметные на них швы были отшлифованы напильником. Самым сложным моментом для режиссера Роба Боумана стала съёмка кульминационной сцены жертвоприношения - в ней была задействована ритуальная маска. По его словам: «маска чертовски пугала меня, потому что я думал - если я не сниму это правильно, это будет очень глупо выглядеть».