9 февраля 1987 г. в СССР началась разработка нового ракетного комплекса «Альбатрос» с твердотопливной трехступенчатой ракетой и планирующим крылатым боевым блоком. Боевой блок должен был совершать часть полета в атмосфере на гиперзвуковой скорости, планировать и с малой высоты пикировать на цель. Работа оказалась чрезвычайно сложной, затянулась и вызвала недоверие заказчика, так как организация-разработчик не имела опыта создания твердотопливных МБР.
Постановлением Правительства от 9 сентября 1989 г. началась разработка двух новых комплексов - стационарного и мобильного - с единой универсальной твердотопливной ракетой, которую так и назвали «Универсал». Разработкой занялись КБЮ и МИТ, имевшие опыт создания твердотопливных ракет. Ракета должна была иметь баллистический боевой блок. Для его защиты от противоракет противника были разработаны ложные цели, неотличимые от боевых блоков во всех диапазонах электромагнитных излучений: видимом, лазерном, инфракрасном, радиолокационном. Они интенсивно работали до самой цели, были стойкими к поражающим факторам ядерного взрыва и излучению сверхмощного лазера с ядерной накачкой. Впервые были спроектированы ложные цели, способные противостоять РЛС со сверхразрешением.
Работа над стационарным комплексом в КБ «Южное» продвигалась быстрее, чем работа над более сложным и дорогостоящим мобильным комплексом в МИТ. Однако после распада СССР работа в КБЮ была остановлена. Решение проблемы затянулось. Но вскоре первое изделие «Универсал» было отправлено в Россию и перевезено в МИТ. Ракета получила название «Тополь-М».
Под руководством МИТа была создана новая российская кооперация разработчиков и производителей. Эта работа оказалась непростой, так аппаратура управления на протяжении многих лет выпускалась в ПО «Коммунар» и ПО «Монолит» (Харьков), и на Киевском радиозаводе. Эти предприятия имели огромные коллективы специалистов высокой квалификации и накопили большой опыт. Поэтому в МИТе было принято решение создавать ракету постепенно и поэтапно.
На первом этапе был создан шахтный комплекс с моноблочной ракетой. На втором этапе был создан мобильный комплекс с моноблочной ракетой. На третьем этапе была отработана ступень разведения с РГЧ ИН для морской ракеты «Булава». На четвертом этапе был создан комплекс «Ярс» мобильного и шахтного базирования с тремя - четырьмя РГЧ ИН. Пятый и шестой этапы предполагают создание комплекса «Баргузин» железнодорожного базирования и комплекса «Рубеж» средней дальности для поражения целей, расположенных на территории европейских стран НАТО.
«Тополь-М» был создан в «миролюбивые» 1990-е годы, когда Россия сблизилась с США, пошла на многочисленные уступки, приняла обязательство не наносить первой ядерного удара. Это означало, что стрелять мы должны были только в ответ, то есть не по шахтам американских ракет, которые уже вылетели, а по городам. Для ответного удара по городам ракеты с РГЧ ИН не нужны. Поэтому все ракеты «Тополь-М» были созданы только в моноблочном исполнении.
В период массового снятия с дежурства стремительно стареющих ракет УР-100, РТ-2, РТ-23, МР-УР-100, Р-36М, «Тополь» создание ракетного комплекса «Тополь-М» имело огромное значение для поддержания обороноспособности России на должном уровне.