Первоначально монастырь был мужским. Его заложили в память о жестокой битве 1304 года между войсками московского князя Юрия Даниловича и тверского князя Михаила Ярославича. Москвичи одержали победу 8 июня — в день Феодора Стратилата. После рождения сына Федора в 1557 году царь Иван Грозный возвел на территории монастыря собор в честь святого Феодора. Этот храм стал главным собором монастыря, он сохранился до настоящего времени.
С 1667 года по решению царя Алексея Михайловича Феодоровский мужской монастырь был преобразован в женскую обитель. К середине XVIII века она достигла своего расцвета — женщины из царских семей, в их числе мать и сестра Петра I, делали крупные пожертвования на развитие монастыря. Здесь построили Введенскую и Казанскую церкви. После революции монастырь закрыли, а монахини были распущены. Обитель возвратили Русской православной церкви только в 1998 году.
