Хотя существуют различия от деревни к деревне, общая организационная структура и иерархия систем ниндзя каждой деревни примерно одинаковы. В случае Пяти Великих Стран Шиноби на вершине организации находится Даймё . Даймё имеет право назначить лицо на должность "Каге", также они являются наблюдателями экзамена, чтобы отобрать кандидатов, достойных стать Чуунинами.
Фактические силы шиноби разделены на три группы: регулярные войска, Анбу и медицинские команды.
Регулярные Войска
Регулярные войска составляют основу деревни и её системы шиноби. Большинство шиноби являются частью этих сил и вместе, как индивидуально, так и в командах, выполняют большинство миссий, которые получает деревня. Им также поручаются различные обязанности в организации, такие как обучение и административные обязанности.
Когда студенты Академии выпускаются, они обычно становятся частью этих сил, получая звание генина. Путём различных экзаменов и тестов, их можно повысить до высших рангов, сначала до чуунина, и джоонина после этого. Иногда, когда шиноби специализируется на очень специфическом навыке, они могут принимать ранг специализированного джоунина, что является званием между чуунином и джоонином.
Ранги
1 Студент Академии
Студенты Академии составляют студенческий корпус Академии, где они обучаются и готовятся к жизни как шиноби. Они не являются действительной частью силы шиноби, так как они все еще находятся в процессе освоения самих основ жизни ниндзя.
2 Генин
Генин — самый низкий уровень ниндзя. Когда выпускники Академии становятся генинами, они начинают создавать битву за экономику своей деревни - отправляясь на миссии, за которые оплачивается деятельность деревни. Обычно они отправляются либо в миссии ранга-D, которые являются почти полностью безопасными рабочими местами ручного труда, или, реже, в миссиях с рангами выше, и начинают приступать к реальной работе "ниндзя", которая имеет очень низкую вероятность риска для вовлечённого ниндзя. Когда Деревня Скрытого Листа потеряла много ниндзя высокого уровня из-за вторжения шиноби Звука и Песка, деревне приходилось посылать генинов на миссии более высокого ранга.
3 Чуунин
Чуунин — ниндзя, которые имеют право руководить другими ниндзя и являться командирами на миссии. Чуунин достиг уровня зрелости и способностей, которые в основном состоят из лидерских навыков и тактического мастерства. Генин, обладающий навыками стать чуунином, отбирается на Экзаменах на Чуунина. Некоторые из них, такие как Ирука Умино, Дайкоку Фунено, Шино Абураме и Сузумэ, продолжают функционировать в качестве учителей Академии и другие, такие как Шикамару Нара, в качестве руководителей команды, отвечающие за небольшие команды, которым необходимо принимать решения и использовать навыки шиноби, под их управлением, максимально эффективно. Чуунин обычно отправляется на миссии C-ранга или B-ранга.
4 Специальный Джоунин
Специальный Джоунин - ниндзя, который, вместо того, чтобы обладать всеми навыками джоунина, превосходит их только в определенной области , так же, как прапорщики в реальных вооруженных силах. Например, Ибики Морино может влезть в голову человека и узнать всё о нём.
5 Джоунин
Джоунин, как правило, опытные и высококвалифицированные шиноби. Джоунины, как правило, могут использовать по крайней мере два типа чакры. Для Джоунина нередко идти на миссии в одиночку. Их часто отправляют в миссии A-ранга, и если они достаточно опытные, также выполняются миссии S-ранга.
6 Каге
Каге - это титул для лидера одной из пяти великих скрытых деревень. Они в совокупности известны как Пять Каге. Каге наблюдает за деятельностью своей деревни, направления шиноби на миссии, чтобы принять жесткие решения относительно безопасности своих людей. Каге деревни, как правило, признаны самыми сильными и могущественными шиноби.
Команды
А́нбу — сокращение Ансатсу Сенджитсу Токушубутай, "Специальный отряд убийств и тактики" — секретные агенты, подчиняющиеся непосредственно главам деревень. Ввиду того, что в Анбу, по всей видимости, отсутствует система рангов, руководство группами и иерархия, по-видимому, зависят от достижений и опыта. Капитаны команд называются Бунтайчо (分隊長, "Лидер отряда") и занимают особое место в формированиях.
